多数先天性PSSs患犬存在微观的胆管增殖、肝内门脉丛发育不良、肝细胞萎缩、小动脉增殖或增生、脂质沉积和细胞浆空泡变化（脂肪肉芽肿）、平滑肌肥大、中心静脉周淋巴增生，以及伊藤细胞和肝枯否氏细胞肥大。一些动物中心静脉周出现轻度纤维化，一些存在坏死或炎症。一项患有先天性肉眼可见EHPSS或IHPSS的组织病理学对预后的研究显示，在组织病理特征和存活时间间无数据关联性。组织上，伴有较差预后的组织特征包括纤维化、胆管增生和坏死。一些患有PSSs犬存在局部损伤，包括肝脏枯否氏细胞和/或巨噬细胞出现细胞浆褐色（黄绿色素和含铁血黄素）以及脂质空泡（称为脂肪肉芽肿）。这些变化与预后并不一致。

PVH无门脉高压（MVD）以及PVH伴有门脉高压（NCPH）患犬肝脏病理学变化与肉眼可见先天性分流患犬类似。因此，如果不提供正确的病史和症状，这些能出现混淆。NCPH患犬经常存在显著的纤维化并延伸至肝实质，特别是沿着肝门束或甚至桥连至其它门脉区域或中心静脉。

不存在动静脉连接的HAVMs患犬肝叶活组织检查常与静-静脉分流犬组织病理变化相似。与畸形临近的肝组织常存在大的扩张的门静脉、显著小动脉增生、肌肉增殖和窦状隙毛细血管化。一些门静脉存在血栓和血管再通。

肝脑病患犬可能存在中枢神经组织病理学变化，包括脑干、小脑核或脑皮质多小脑回，以及脑皮质原生质性星形细胞肥大和增生。