除宝丹外，孔伯华还研制了一种清灵甘露茶，由鲜苇根、薄荷、佩兰、藿香、青茶、竹叶卷心、双花、荷叶等药物煎制而成，用于预防和治疗外感风热感冒，还可治疗中暑，颇有成效。

为了使人们都能了解中药治疗疾病的功效，同时也为了普惠大众，孔伯华常年无偿施送。除此之外，他还研制了几种治疗妇科的良药及其他疾病的药丸和药膏，也是免费提供给病人。

一九二九年，本已生存在夹缝中的中医又一次面临被取缔的危机。这迫使整个中医界不得不团结起来，为争取中医的生存而抗争。孔伯华也和其他中医界人士一道，为中医的生死存亡呐喊奔忙。

关于存废中医的争端，从袁世凯当政时期就一直没有停止过。到了南京国民政府时期，对中医歧视愈甚。一九二九年，废止中医派中最卖力的呐喊者余云岫，向南京国民政府卫生部提交了一份名为废止旧医以扫除医事卫生之障碍的提案，认为中医是封建迷信，祸害人命，应该予以废止，而中药尚有其可取之处，可以保留。此提案被南京国民政府卫生部第一届中央卫生委员会通过。致使中医命悬一线，到了生死存亡的关头。这一提案在国内掀起轩然大波。

为了团结全国中医力量，争取生存的权利，在北平的孔伯华等名医和各地中医界有识之士上下奔走，呼吁大家联合一致争取国人的同情，向南京政府请愿。孔伯华被选为华北中医界代表，参加了华北地区中医界联合大会，并被选为大会主席。一九二九年十二月一日，来自全国各地的中医界代表在上海举行抗议集会，选派孔伯华等二十三人组成联合请愿团，到南京向国民政府陈情。请愿团与与余云岫等人展开了直接对话，孔伯华怒斥余云岫数典忘祖，置中医几千年来对中华民族的生存繁衍所作出的贡献于不顾，以偏盖全，用一些庸医害人的个案来否定整个中医行业，说得那些反中医者哑口无言。

之后，孔伯华提出用最直接的方法来证明中医的疗效，他要求政府为中西医各挑选六个病人，用各自的方法治疗，来看看到底中医能不能治病救人。结果，孔伯华等人用自己高明的医术很快将六个病人治愈，舆论界反应强烈。

在全国中医界的努力抗争下，南京国民政府卫生部不得不将废止中医案暂时搁置起来，中医终于逃过一劫。不过，反中医势力仍然在伺机反扑，直到一九三六年中医条例正式颁布，中医才算取得了合法地位。

一九三六年，国民政府颁布了中医条列，规定对所有中医实行考核立案。在北平进行第一次中医考核时，当局挑选了萧龙友、孔伯华、施今墨、汪逢春四位德高望重、医术精湛的名医担任主考官，负责试卷的命题与阅评。于是，人们开始将这四人称作北平的四大名医。能够位居其中，是人们对孔伯华医术、医德的肯定。