帕米尔高原实际上不是一个平坦的高原面，而是由几组山脉和山脉之间宽阔的谷地和盆地构成。根据地形特点。帕米尔高原在萨烈兹湖西北被南北走向的科学院山分为东西两部分。

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东帕米尔地形较开阔坦荡，由两条西北—东南方向的山脉和一组河谷湖盆构成，绝对高度5000米～6000米。相对高度不超过1000米～1500米，山体浑圆，山脉被宽浅的河谷分割，在海拔4000～5000米高处有冰碛平原和荒漠平原。
西帕米尔则由若干条大致平行的东北—西南方向的山脉谷地构成，地形相对高差大，以高山深谷为特征。西帕米尔主要是强烈切割的高山地形，山脉的相对高度为2000～3500米，河谷窄而深，山脊高出谷底达 3000～4000米，具有永久积雪和冰川的阿尔卑斯型山脉与深邃的峡谷交错分布，各种冰川地形广泛发育。