碧云寺天王殿后有一座方形的放生池，四周围以石栏，池上架有一道单孔石拱桥。明代池中放养有很多金鱼，万历皇帝曾亲临池畔观鱼。

放生池后即为建于明代的大雄宝殿，也称释迦牟尼殿、能仁寂照殿，是碧云寺中等级最高的一座殿宇。大殿面阔三间，后出卷棚式抱厦一间，庑殿顶。清乾隆十三间（1748年）修缮后赐名“能仁寂照”，外檐悬挂乾隆御题匾额。下图由Morrison Hedda拍摄于1933-1946年间，和现在相比变化不大，只是桥头原先雕刻精美的栏板已经被换掉了。

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大雄宝殿前有月台，左、右各设一座石雕六角形经幢。经幢由基座、幢身和六角攒尖顶幢顶组成，雕饰花卉、云纹和行龙等图案，十分华丽。幢身上面刻有佛经，左侧为“大悲无碍神咒”，右侧为“导胜咒”，均为乾隆御笔所书。下图由喜仁龙（Osvald Siren）摄于1920年代，现在多了一座遮挡视线的香炉。

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大雄宝殿殿内供奉释迦摩尼像，两旁分立迦叶、阿难和文殊、普贤菩萨像。殿内两侧设悬山云海，石台上设十八罗汉像，云海间还塑有西游记中唐僧师徒西天取景所遇八十一难的场景。大殿后面有观音菩萨像立于海岛之上，两旁有善财童子和龙女。1966年文革期间，大雄宝殿内的塑像被拆毁，1995年重塑，但是云海间的西游记故事没有恢复。和下面这张山本讃七郎在清末民初拍摄的老照片相比，这次重塑还算成功，基本保持了原貌，细节的不同是难免的。
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