哈佛大学最初称为“新学院”或“新市民学院”，该机构在1639年3月13日以一名毕业于英格兰剑桥大学伊曼纽尔学院年轻的牧师约翰·哈佛之名，命名为：哈佛学院。美国于1776年建国，比哈佛建校要晚近140年。

15世纪末，由欧洲通往美洲的大西洋航道被哥伦布开辟出来以后，欧洲人纷纷远涉重洋来到美洲。17世纪初，首批英国移民到达北美，在那里开拓自己的“伊甸园”——新英格兰。移民中有100多名清教徒，曾在牛津和剑桥大学受过古典式的高等教育，为了让他们的子孙后代在新的家园也能够受到这种教育，他们于1636年在马萨诸塞州的查尔斯河畔建立了美国历史上第一所学府——哈佛学院。