正所谓英雄惜英雄，对于下台的段祺瑞，吴佩孚始终认为他是北洋军队的元老，吴佩孚和段祺瑞有着极端相似的性格，吴佩孚本身就有一段师生之谊，在段祺瑞眼中，徐树铮和吴佩孚都是各有千秋的后起之秀，只不过徐树铮纵横捭阖，心思周密，但行军布阵，进防攻守，吴佩孚更胜一筹，段祺瑞也想借用吴佩孚，但考虑到与他一样都是刚愎自用的暴烈性格，很难共事，因此无缘共事，而吴佩孚其实从内心上也尊重段祺瑞，只认为皖系的一切都是徐树铮这个阴险小人在作怪，他与段祺瑞还未至于到水火不容的地位，因此即便段祺瑞下野在家，曹锟和吴佩孚也都经常派人往他的天津公寓问候起居。

而对于皖系的最后一块地盘浙江卢永祥，毕竟他也是一脉共生的北洋军队，吴佩孚一直希望用和平的方式把卢永祥拉拢一过来，上海是一场富甲一方，一旦发生战事，将会造成中华民国经济的大动乱，如果用和平的方式解决，一来解决后顾之忧，二来壮大已实力，再者出于“养敌自重”的原因，只要有皖系卢永祥的存在，就有理由为直军中造就一股明显存在的“敌人”压迫感，如果这块地盘失去，皖军的势力很快就转入地下，那将更加不可捉摸预料，这也正是从直皖战和直奉战后，浙江的卢永祥都以皖系最后一股势力一直存在于东南一角的原因。

不管用什么手段。曹锟当选总统，那么副总统一职成为直系各方督军争夺的对象，吴佩孚对外一再表示，他只是一个军人，他不会做督军，更加不会做总统或者副总统，甚至他还表示，最有资格做副总统的，非浙江的卢永祥莫属，很明显，这是一种拉拢卢永祥破坏反直三角联盟的政治手段，可是这手段没有吸引卢永祥，却让另外一个直系的后起之秀江苏督军齐燮元听在耳中，急在心头。

这位不到四十岁的齐燮元地位急剧膨胀，从师长到督军到三省巡阅使一路有如神助，他自认为继承了冯国璋，李纯的衣钵，也要做副总统，因为副总统的年龄要求，甚至提前一前摆四十岁生日，他怎么能允许吴佩孚推举卢永祥的论调，他必须尽快发动对浙江和上海的战争，以显示他的军事实力和政治地位。很快他找到了一个发动战争的理由。

原福建省的实力派藏致平、杨化昭在在孙传芳和周荫人的通力合作打击下，终于承受不住，率部突围进入浙江，而卢永祥收留了这支闽军，改编为浙江边防军。这给江苏的齐燮元找到了向浙江和上海宣战的借口，齐燮元本身就是上海的实力派，当年，他宁愿以上海淞沪护军使的身份与卢永祥的部下何丰林交位置，换取江苏督军的职位，现在他觉得夺回他上海地盘扬名直系的时候到了。

按照他的计划，他调动江苏第六师，调安徽珠马联甲兵出安徽，再让他的属下陈调元为江西督军，兵分三路同时进军浙江，一举夺下上海，可是他的进攻计划很快受到了吴佩孚的反对，吴佩孚直接表示反对，齐燮元也生气了，带头向曹锟表示辞职，而王承斌，冯玉祥也同时响应，吴佩孚也觉得势头不对，也要求辞职。

这可恼了曹大总统，他刚做总统不久，山东就发生了轰动国际的“临城劫车案”山东土匪孙美瑶把一辆火车给劫了，把满车的洋人当作肉票，所幸有陈调元上山周旋，终于招降孙美瑶解救了洋人，曹锟刚上任就在国际名声一落千丈，他也不想当总统了。在曹锟的大发脾气下，谁都不敢再说辞职的话，为避免战祸再起，吴佩孚赶快派李济臣到浙江去劝卢永祥赶紧解散藏致平、杨化昭二部以避战端，卢永祥战意已决。断然拒绝。

如此而来战争无可避免，齐燮元按照原计划兵分三路直指浙江和上海，可是卢永祥远比齐燮元设想中强大，又有藏、杨两部誓死抵抗，江浙战事为持数十日，不分胜负，面对着上海这个大城市，双面都不愿意大举破坏后得到一个残破的上海。实际上战事非常平和。

吴佩孚认为，必须尽快结束战争，否则奉军很快就将南下，广东也会同时发动北伐，到时战场将无法收拾，于是吴佩孚想到了留在福建的孙传芳，其实早在江浙战争之前，孙传芳早就想夺取一盘之地，他早已经把在福建大军调到了延平一带，只等一声令下，中央的军令一下，孙传芳直接加入浙江战场，随着孙传芳的加入，战事很快打破平衡出现转机，在大军压境之下，浙江的卢永祥再也抵档不住，节节败退，卢永祥只得通电下野，皖系的最后一场地盘成为直系的地盘，但在江南地区，齐燮元和孙传芳争相收降卢永祥所部，扩编各自队伍。齐燮元和孙传芳成为江浙战争中的两位后起之秀，自此独占东南一方，这其实不是吴佩孚太想见到的结局。