金枝1的结束，是在“癸酉之变”的历史事件中，而金枝2既然是和金枝1发生在同一个时间段下，自然也选择了这一事件来作为结局。

湘菱跟如妃说，她把如妃的点滴告知高流斐，而使高流斐移情如妃，并把高流斐如今的病情也告知如妃，目的是要让如妃完全堕入这张情网。而如妃的表现也没有让湘菱失望。

淳太妃深夜去探望被囚的佟吉海，要他给一个答复，愿不愿意留下陪她，如果不愿意，那么他就要被流放到苦寒之地受罚。佟吉海却不愿再欺天欺人，老实告诉淳太妃，不能接受她的美意。

木都儿担心佟吉海，想到值房探望，但遇上了马新满，二人纠缠，马新满恼羞成怒，竟想霸王硬上弓，但脱下裤子那一刻，他才记起自己是太监，不能人道。宫中那些所谓的太监跟宫女对食，只是一种“病态”的行为，宦官制度更是对古代男人最残酷的一种手段。马新满更加盛怒，于是拿起刀子，去找佟吉海算账。

故事发展到这里，一幕高潮正式掀起，在同一时间里，马新满欲杀佟吉海、杨太医准备下毒害高流斐、如妃打算向湘菱坦白自己所做的事，却不料就在这时，天理教暴民攻入宫中，引发一场大乱。大家一起到永寿宫躲避，唯独少了淳太妃，于是如妃不顾危险，和湘菱一起前往找寻淳太妃。

在暴乱之中，尔荷本来是私会云秋玹，结果遇上乱民，被砍成重伤，最后死在云秋玹怀中，亦算得偿心愿。尔荷临死也把珠钗交给云秋玹，作为保他性命的凭证，不由让云秋玹感动落泪。而在云秋玹遇险的同时，映琴也清醒了。

佟吉海本可乘乱逃出宫，可是他的心却牵挂着宫中人，竟返入宫中。他遇到淳太妃和佑香，淳太妃再次提出之前的要求，但佟吉海冒死而回，为的只是木都儿，因此他坚决地拒绝淳太妃的心意。至此，淳太妃心死了，也因为如此，她不肯跟如妃等人逃生，甚至力数如妃不是真心为她，激动之下，如妃狠狠地教训她，更把自己所有的心事说出，歇斯底里，可一片苦心却不为淳太妃接受。淳太妃的固执真可谓到了极致。

马新满被薛东盛和禄喜合力杀死，还落了个勾结乱党的罪名。他也算恶贯满盈，从他的死，可以看出宫中的人有多么讨厌他。可是他至死仍心系木都儿，真的不失为一名情痴！