面对即将展开的大决战，织田信长本人是不可能不出场，亲自莅临前线指挥的。五月二十九日，德川家康一行前往堺游览，织田信忠没有陪同前往，因为他听说父亲信长将在数日内上洛，因此决定留在京都等候。二十九日，信长从安土出发前往京都，随同的不过“小姓众百五六十骑”，估计他将在觐见天皇后，即亲自领兵前往中国地区。

这时，吉田兼和回京城向近卫前久复命，近卫前久惊道：“什么？信长拒绝了将军的任命？”

吉田兼和道：“是，不只如此，连右大臣的官位也一并奉还。”

“嗯，信长难道要无视朝廷的存在吗？”

家臣道：“太政大臣，将信长如此搁置下去非常危险，前些时候，信长在城中的寺内安放了自己为化身的神像，命令百姓来参拜，信长将自己视为神明，要废除这个朝廷。”

“太、太可怕了，要废除朝廷，这简直是惊天骇地的所作所为，信长真是魔王吗？有谁能够打倒这个魔王？”

家臣们都低头，吉田兼和这时道：“太政大臣，我有个想法。”

“你是有粉碎信长阴谋的良策吗？”

“是，有。只是要借助某人的力量。”

“是谁？”

吉田兼和便趋至近卫前久身边，向他耳语一番，近卫前久连连点头。

再说明智光秀回到丹波龟山城，向众家臣发布了信长的出兵命令，斋藤利三道：“主公，家中有人问您为什么如此忍耐？”

“利三，你说什么？”

明智秀满道：“把丹波、近江夺走，让我们去夺石见、出云的领地，这样做也太过份了。”

明智光秀脸色一沉，斋藤利三道：“主公！”明智光秀却道：“我们必须服从命令……”就在此时，有家臣来报，说有密使求见，明智光秀当即摒退左右，亲自召见密使。

且说信长一行在雨中缓缓进发，朝廷的公卿们在山科栗田口恭候他的到来。信长的小姓森兰丸首先驰马来到山科，告知公卿们不必远迎。下午四时许，信长进入京都，下榻于四条坊门的本能寺，而信忠则住在相隔不远的妙觉寺中。

下榻以后，公卿近卫前久来拜访，恭贺信长进京，信长举行茶会，将珍藏的茶具全部取出请公卿和客人们鉴赏。信长为求安静，左右并无安排警卫的士兵，近卫前久道：“不愧是信长大人，不论哪一件都是珍品。”

信长道：“在别处我还珍藏着许多茶器。”

“噢，你还有珍藏？”

“请慢慢观赏。”茶会在欢悦的气纷中结束。

之后，信长又召来国手本因坊秀哉和鹿盐利玄和他对弈，据说此局下出了罕见的三劫连环无胜负局，包括信长在内，观者皆惊。当日晚间，信长召来信忠饮宴，宴后信忠返回妙觉寺就寝。这一日是六月一日的晚上。

在信长进入本能寺后，明智光秀的探子打听清楚情况，立即报知光秀，当时明智光秀在爱岩山的寺中栖身，名僧里村绍巴道：“光秀大人，连歌的第一句您还没想好吗？”

明智光秀道：“好的，我有了。时为下雨五月天。”里村绍巴不由一怔，心道：“时又可以拆读为土岐，明智大人是土岐源氏。雨就是天，下天，也就是夺取天下的意思。难道是……”明智光秀却突然发出一阵冷笑。

天正十年（1582年）六月一日，六月一日，明智光秀返回龟山城，在此召集麾下最亲信的部将明智秀满、明智光忠、藤田傅五、斋藤利三、沟口茂朝五人，说明自己的决心。并且直言相告：“如有异意，请斩光秀之首。”五人皆拜伏应允，并草就誓书、递交人质以表示自己的诚心。

当日下午四时左右，明智光秀召集家中物头，告知说：“京都的森乱（即森兰丸）有信使来报，主公为了加强对中国地区用兵，要在京都检阅我家的军队。”于是立刻整队出发。但还有一种说法，明智军是先西进到山崎后，光秀才宣布“阅兵”的消息，于是大军转向前往京都。

对于明智光秀的真实意图，普通士兵们是不了解的，他们也并不知道“阅兵”的借口，甚至其中许多人等到信长死亡，还搞不清内中真相。最先攻入本能寺的士兵之一、本城惣右卫门有介在回忆录中说：“那时，太閤公（即羽柴秀吉）正在备中与辉元殿下对峙，明智率军驰援，本以为是前往山崎方向，不料却命令进京。因为那时家康公也到了京都，我等都认为这是针对家康公的。”

士兵们认为是信长想要消灭德川家康势力，因此派明智光秀趁夜秘密进军前往京都。这可见即便最下层的兵卒，对于他们的领袖织田信长都报有一种怎样的观感——信长公是强大的君主，但他毫无信义，诛杀甚至谋杀盟友，对他来说并非不可理解之事。

明智军总兵力为一万三千人，分为三队：光秀本队自保津翻山，经水尾天皇陵至嵯峨野，在衣笠山麓的地藏院布阵；一队由明智秀满等率领，由山阴道经过老之坂，渡过桂川；另一队由明智光忠率领，从王子村取道唐柜岳，前往松尾的山田村。一方面，万余大军如果不分散行动，踪迹是不可能不被发现的，另一方面，这说明光秀的目的并不仅仅在杀死信长一人，他还要趁此机会尽快控制京都和附近地区。

明智本队进入山城国，在沓挂宿稍作休息时，光秀命令部将天野源右卫门领一队人马为先驱，将此地到本能寺路上有可能泄露本军行踪的行人全部捉拿或诛杀。天野源右卫门果然在京都七条口附近杀死了早起种瓜的二、三十个农民。

明智大军进至桂川时，光秀终于下达了详细的命令：“都去掉马蹄上包裹的东西，士卒脱掉草鞋，换上足半，铁砲手把火绳切成一尺五寸长，并将两端都点燃。随时准备战斗！”渡过桂川后，他鼓舞士兵说：“从今日起，殿下即将成为天下人，即便如提鞋的低贱之辈亦当欢欣踊跃，竭尽忠勇。吾辈士卒有两处目标，树立武勋便在今日。有什么愿望现在尽可以说出来。有兄弟子嗣之人自不必担心无人继承家业，无兄弟子嗣之辈尽可从自己的亲属中选出关系亲近者继承家业。众人封赏之高下，全系尽忠之深浅！”然后一指远方：“前进，敌在本能寺！”于是大军齐发，向本能寺攻来。

半夜时分，突然喧闹声大作，信长最初以为是侍卫们在吵架，正要爬起身来斥责，忽然听见铁砲发射之声，阵阵呜响。信长心中一骇，立即对小侍森兰丸道：“定然有人反叛，去，看看叛者是谁？”

森兰丸连忙出去，过了一会儿，便匆匆跑回来禀报：“是桔梗旗印，像是惟任日向守的部队。”

“啊？是光秀！”

森兰丸所指的，正是信长麾下大将明智光秀，他当时官位为正六位下日向守，因曾通过信长向朝廷求得“惟任”的古老姓氏，因此习惯被称为“惟任日向守”。

信长便道：“没有办法了，让女人孩子逃走，其余的拿枪跟我来。”左右从人便立即依令而行。信长随即回身对阿浓道：“阿浓，你也快逃吧，我在这儿应战，争取时间。”

阿浓道：“您要怎样？”

信长道：“我战死在这里，但是你要活下去。”

阿浓道：“如果您要战死，我也要死在这里。”

信长道：“不行。”

阿浓道：“不，我要为您殉葬。”

信长只好道：“哎，好吧，随你便。”便率众冲出寺外迎战。

六月二日清晨，明智叛军把本能寺包围得水泄不通。当时跟随在织田信长身边的，只有小姓数十人。据说信长最初猜测道：“是城介有异心吗？”城介指的是秋田城介，也即其长男织田信忠，信忠近在咫尺，信长大概是想到了老丈人斋藤道三的往事，以为亲儿子想要夺权篡位吧。由此可见，他对光秀谋叛，是毫无心理准备的。

战斗首先从马厩展开，大概光秀怕信长会夺路而逃，因此要先控制马厩。信长的小姓二十四人，包括矢代胜介、伴太郎左卫门、伴正林、村田吉五等，全都在此战死。此外，就寄宿或居住在附近的汤浅甚介、小仓松寿等人闻讯前来救驾，试图突入寺中，也都英勇牺牲。

很快，织田信长本人出现在明智兵卒面前，他与最后的亲信森兰丸、森力丸、森坊丸、小河爱平、高桥虎松、针阿弥等人共同奋战，信长取箭连发三箭后，弓弦也拉断了，再舞长枪应战，结果肘部被刺伤，只得与众人退回内室。

这时，寺内外都是一片火海，森兰丸道：“主公，敌人放火了！怎么办？”

信长道：“我不行了，我要以死谢天下。”他回身走到那熊熊烈火中，低声吟道：“人间五十年，如梦如幻……”便于烈火的包围中，拔刀切腹自尽。织田信长结束了激荡的一生，信长的理想“天下布武”也成为了泡影，不过，没有这个战国的革命儿，持续了一百多年的乱世是不会结束的。

信长在本能寺殒命的时候，织田信忠就下榻在不远处的妙觉寺中，与本能寺直线距离不过600米。当时明智军并没有包围妙觉寺，信忠从匆匆赶来的京都所司代村井贞胜父子处得到谋叛的消息，立刻赶往京都二条御所。据说，信忠认为：“谋这等大逆的贼党们，必定已把守了各个要道路口，一旦途中遭遇就不妙了，还是不要作徒劳的移动。”因此没有及时逃往安土或其它坚固的城堡。

二条御所是信长一力扶持的诚仁亲王的官邸，修建得相当坚固，信忠退守此地时，身旁从属大概有三到五百人。明智军很快就包围了二条御所，村井贞胜建议先让诚仁亲王一家退出御所，以免遭受池鱼之殃：“京都所司代村井殿下与嗣子（指信忠）在一起，依照他的进言，内里的儿子（内里指天皇，内里的儿子即指诚仁亲王）骑在马上，向外面街道上的明智军派遣了使者，质问他们想把自己怎么样，是不是要自己切腹。明智好象无意对殿下有任何举动，希望立刻就让殿下离开御所，只是为了防止城介殿下（指信忠）混在其中逃亡，就回复说马和车驾不能离开。内里的儿子得到报告后，就带着妻室一起上京去他父亲的皇宫了。”

亲王离开以后，明智军立刻对二条御所发起猛攻。知道已无幸免之理，织田信忠及其部下进行了殊死的抵抗，光在大门口就激斗了一、两个小时，使明智军付出了意料之外的惨重代价。然而众寡之势悬殊，明智军终于还是突破大门，把信忠逼退到大殿上。信忠及其兄弟胜长（信长第五子）往来奋战，据说信忠精通剑术，连斩明智方数员大将，勇猛仿佛当年的“强情公方”足利义辉。

损失惨重的明智军，纷纷爬上二条御所旁太政大臣近卫前久官邸的屋顶，从这里居高临下，向信忠等人发射箭矢和枪弹。这一角度是信忠军所无法抵挡的，并且火器也引燃了御殿的大火，于是信忠吩咐部下镰田新介担任自己的介错，要他事后揭开走廊地板，把自己的遗体藏匿于其下，嘱咐完毕后就切腹自杀了。因此信忠的尸体并没有被明智军发现，而是与御殿一起在红莲烈焰中归为灰烬——享年仅二十六岁。

在二条御所的战斗中，信忠方的死殁者除了信忠、胜长兄弟外，还有信忠的叔父津田长利、津田勘七、津田元嘉、津田小藤次等一门，村井贞胜、贞成、传次父子三人，信长奉行众的菅屋长赖、福富平左卫门、野野村三十郎，马迴众的团平八、斋藤新五郎、坂井越中、毛利新介等，或战死，或自尽。

也有数人侥幸逃了出来，其中就包括信长的弟弟、大茶人织田有乐斋长益，据说他是从墙壁上架枪的孔洞中钻出去逃生的。

安土城内，蒲生氏乡负责留守，忽然看见蒲生贤秀匆匆而来，面有急色道：“氏乡！”

“咦，父亲！”

“氏乡！”

“父亲，慌慌张张的，出了什么事？”

“大、大事不好了，京都出了大事！”

“京都！主公怎么了？”

“光、光秀谋反，袭击了本能寺。”

“什么？光秀谋反了？你不会搞错了吧？”

“是京里来人说的，京中各处都是光秀的部队。”

“那么主公呢？”

“主公已葬身本能寺内。”

蒲生氏乡大为震惊，忙道：“如果这一切是真的，明智的大军迟早会打来这里的。”

蒲生贤秀道：“嗯，我去拆掉通往安土城的濑田大桥，阻挡明智军，氏乡你收拾东西撤往日野。”蒲生氏乡立即听从父亲之言去办。