攻破了扬州后，多铎又率兵长驱直下，弘光尚不知社稷将倾，还在醉心于收罗美女，饮酒作乐。这就是南明失败的原因，上至皇帝，下至大臣都一直处于纸醉金迷之中，不思复国，只求偏安，结果招致了失败。

到南京被围，弘光才知着急，匆忙收拾、带上宠妃，偷开通济门，逃奔芜湖而去。可是在途中被投清的总兵田雄抓获，缚送清营，解往北京斩首。就这样，南明朝廷也告灭亡。南京城中的官员大多数投清，也有些不愿受辱的以死殉国。清廷为了收买人心，便起用了南明朝廷中颇有声望的钱谦益，希望以此安抚人心。

可是，当清朝攻克了整个江南之后，下达剃发束辫的严令后，却遭到了人民的强烈反对，嘉定、江阴二地最为激烈。嘉定人氏侯峒曾、黄淳耀领导百姓筑城反抗清兵，清军用大炮攻城，时逢大雨，炸得土城坍塌，清军乘机一拥而入，侯、黄二人率众巷战，由早上杀到夜暮，终于不敌，侯峒曾挈二子投水而死，黄淳耀自缢身亡。清兵攻占嘉定后，血腥屠城三次，杀了二万多人，全城尸横遍地，血流成河，惨不忍睹，史称“嘉定三屠”。

江阴同样反抗削发束辫，数十万人集结起来，推阎应元、陈明遇为城主，抗清自卫。清军久攻不下，便调来精锐八旗兵和汉将刘良佐24万人围攻，最后再调来200余门大炮，才把江阴攻破，阎、陈也率众巷战，没有一人投降，结果江阴百姓被屠杀十七万。

加上“扬州十日”，这三次屠杀使汉人百姓死亡了数十万人，也凭着这三场大屠杀，满清镇慑了人心，使汉人从此屈于满清的强权统治之下。

随后，清军继续南下，明朝官绅张煌言于绍兴迎鲁王；黄道周、郑芝仙等复立唐王于深州，先后建立了两个政权，为争正统闹得不可开交。如果两个政府能同心协力，也许还有转机，可惜这也是汉人世代相传的劣根性，易生内讧。

不久之后，李自成在九宫山败亡，但是李自成的生死却成为一个千古之谜。同时，清帝向张献忠发一纸抚诏，威逼利诱，要张献忠审识天时，率众归降。张献忠却怒而扯诏，率兵北上抗清。但是张献忠同样失败了，他在凤凰山中伏，被清将雅布兰一箭射中前额，失手被俘，寸磔而死。

但是各地反清的组织仍然十分活跃，清兵尚未完全平定天下，所以继续兵分几路，分取南方各省。李成栋由福建进广东，攻陷广州、肇庆，尔后进逼广西，把于南方称帝的桂王逼入湖南。最后，桂王辗转逃亡，在贵州被张献忠旧部孙可望迎纳。不久，孙可望大举反击，在四川大败吴三桂，另一路由李定国率领，进攻广西，攻克桂林。当他们联合起来，先后收复西南多省的疆土之际，孙可望又因嫉妒李定国之功，他迫李定国撤出湖南，自己与清军在湖南一战即败，后又在云南挑起反清阵线的内战，最后失败，逃往长沙降清。也因此，使得原本形势极好的反清阵线全面崩溃，最后李定国退走云南，桂王逃入缅甸境内，被拘于阿瓦城，吴三桂大军进入缅甸境内，缅甸王便把桂王献于吴三桂帐下，吴三桂押桂王回昆明，将其绞杀。

清朝又采取分化策略，诱降鲁王手下握着重兵的方国安、马士英，二人欲擒鲁王降清，被鲁王察觉，在张各振保护下，逃亡海上，后投奔郑成功，老死台湾。张煌言则在淅江一带组织义军抗清失败被杀。

另外一方，唐王据守福建，颇思振作，但是被郑仙芝百般阻拦。由于郑是海盗出身，仗拥唐王有功，手握重兵，所以唐王对他也无可奈何，只得改命黄道周出关蓦兵，结果黄道周不久便被清兵俘杀。当清兵进攻福建时，郑仙芝出关迎敌，却被洪承畴以同乡身份与他私下谈判，郑愿为内应。郑仙芝假托海盗进犯，带兵东走沿海，使仙霞关二百里空无一人，清军率兵过岭，长驱直入，连克数城，唐王奔走汀州，城破被俘，最后绝食而死。但是郑仙芝这家伙降清到了北京之后，也不得善终。

当时，郑仙芝之子郑成功不肯随父投降，自己走入福建沿海一带，继续抗清。郑成功善于治兵，军纪严明，曾联合张煌言北伐，收复了四州三府二十四县，一时声震全国。可惜后来清兵采用诈降之计，使郑成功中计，停止了攻打南京，清援兵一到，内外夹击，郑成功便转胜为败。

郑成功败退回厦门后，为了谋取一反清复明的根据地，决定进兵台湾，率二万五千人在台登陆，并把占领了台湾的荷兰侵略者击退，收复台湾。郑成功便在台湾屯田练兵，等待时机。可惜一直都没有成功，不久郑成功便病逝，由儿子郑经继位，把台湾变为富庶之岛，也凭着海上的险峻，据守了数十年。

满清利用一次又一次的血腥战事，终于使天下平定，但是在这刚刚平定的天下里，却是危机四伏，包括他们的内部也有许多的问题产生，清朝又如何渡过这些接踵而来的难关呢？