嘉靖时期的腐败为明朝带来了沉重打击，嘉靖死后，其子继位，是为明穆宗隆庆帝，隆庆即位后，重用了徐阶，使朝政略有好转，但是他很快又沉迷于玩乐声色之中。不久后，隆庆也去世了，由太子朱翊钧登基成为明神宗，即万历帝。

当时内阁发生了两派的争斗，结果徐阶的门生张居正与太监冯保联合，藉着身为万历帝的老师而斗垮了原先的内阁首辅高拱，把高拱从首辅之位拉下来。宦官向来是明朝举足轻重的一个环节，所以张居正能在内阁斗争中胜出，也是全凭他把握了这一重点，和冯保联合之故。

张居正大权在握之后，取得太后的信任和支持，而当时万历还是个小孩，对这位老师是敬畏万分，一切都言听计从，于是张居正便将昔日拟定，却因高拱不同意的改革纲领逐一实施出来，开始了大刀阔斧、雷厉风行的政治改革。

由于朝政的腐败是缘于嘉靖朝时期的吏治腐败，所以他改革的第一步，就是从整顿吏治开始，他提出为官清廉、治政清平，以求社会得到长治久安，制订出一套考核官员的准则，通过考勤考绩来甄别官员的勤惰、贤愚，作为决定进升、罢黜的依据。同时，他还竭力提高内阁权威，加强中央集权，以号令天下。虽然张居正这一做法有点过于严厉，但是乱世用重典，也是无可厚非的，不过他的“霸道”却为他身后被秋后算账而埋下伏笔。

在明朝中叶的时期，土地兼并和欺瞒十分严重，户藉紊乱无比，造成赋役负担严重不平均，导致国匮民穷。于是，张居正下令在全国重新丈量土地，清查漏税的田产并追缴欠税。他创下了“一条鞭法”，全国实行统一役法，计亩征粮，量地征丁，丁粮皆输于官，经济开始复苏发展，使国家逐渐富庶起来。

张居正还重视整顿军备，加强边防，精心挑选驻边将领，练兵备战，修治边防要塞，训令边关诸将在边境屯积钱粮，整顿器械，开垦屯田，自给自足。同时，与蒙古俺达汗开展茶马互市，使边境安定。

张居正还注意兴修水利，起用治河专家潘季驯，由他负责治河，历经两年，治河取得了成功，黄淮得以安宁。

在张居正改革的十年中，收到颇好的效果，可惜张居正终因日夜勤于政事，而积劳成疾，在公元1582年去世。没想到张居正一死，便遭到反对派的诬告，而更重要的是万历帝对张居正在位时的压迫感到非常厌恶，竟然接纳了反对派大臣们的诬告，下诏革除张居正一切封号，抄没家产，其家眷全部充军，可怜一代忠臣死了也要含冤，而他十年来的改革成果也一旦付诸东流。政治斗争就是这样的残酷，只能怪当皇帝的昏庸无能，还有就是保守派的守旧，否则明朝不会没落得这么快。

张居正死后，冯保也不能善终，其党全部被除去，改革被推翻还不止，万历帝更是生活日渐腐化，日夜饮酒纵乐，还醉心于掠取所需，勒索珍宝之中，成为了中国历史上最贪婪昏庸的皇帝，他敛来的财比国库还多，他的财富不用于国，皆用于己，明朝真真正正步入了没落的大道上。