自明军攻入大都，元顺帝怆惶出逃后，朱元璋继续派徐达、李文忠等追击元军，直把元军逐出塞北，方才班师回朝。

灭亡元朝后，朱元璋和刘基共同商定了以科举八股文取士，所有考试专以《四书》、《五经》来命题，而且《四书》还要以朱熹的集注为依据。再设立国子学，专收官僚地主的子弟，在国子学结业，就可以免考科举，直接为官，是为国子监生。另外，朱元璋还仿效汉晋元的制度，恢复了宗室分封，把自己的24个儿子封为亲王，各领疆土，亲王们都拥有兵权，负责防御他们的领地，以防外敌入侵和镇压地方武装叛乱。其中，燕、晋、宁三王驻守北方，抵御蒙古。

安定了内政后，朱元璋又下诏讨蜀，一举平定蜀地，天下大定。朱元璋为了把政权集中，于是设立中书省，总管天下政事，李善长身为首相，他处事谨慎，未和皇帝发生什么大的矛盾。从各方面看来，朱元璋还是一位杰出的政治家。

朱元璋在开国之前，与众文武是称兄道弟的，可是当天下大定之后，朱元璋却突然发生了重大的变化，他变得多疑，对所有开国元勋们都产生了疑虑，随后便开始了一次又一次的血腥屠杀，几乎把所有功臣杀死殆尽。

为什么朱元璋会变成这样嗜杀？其实有多个原因，一是他立的太子朱标，生性懦弱，朱元璋怕太子日后继位，会镇不住那些开国元勋们，容易生变，所以为了保住自己辛苦建立的大明江山，不惜残杀功臣，为太子清除一切障碍。虽然后来太子早丧，但是重立的太子朱允炆是朱标之子，朱元璋杀功臣，同样是为了孙儿着想；其二是朱元璋本性自私，因为他并不像唐太宗那样真心对待自己的属下，就像当年他宁要让胡大海造反，也要杀他的儿子，以正军法，听似冠冕堂皇，实际是杀一儆百，让那些大臣们知道，他朱元璋是不会因为失去谁，而有所动摇的，这个天下将会是他朱元璋一人独有；其三是因为时势，明朝的党争一直十分严重，从建国初开始，党争一直存在，当时胡惟庸升为丞相，在朝中结成淮人集团，排斥异己，独操生杀大权，大军师刘基就是因为与胡惟庸有隙，而被胡惟庸诬害，最终忧愤而死，胡惟庸的淮党愈来愈势大，朱元璋害怕约束不了，所以才用强暴的手段对付他们。

经过了这一场“胡党”的事件之后，朱元璋便决定把大臣的权利削弱，于是废去中书省和丞相，分相权于六部，改大都督府为五军都督府，每一个职位和权利使用都分得非常精细，藉此削弱了大臣们的权力，同时也让皇帝的权力更加集中。另外，朱元璋又设锦衣卫，名为保卫皇帝、从事侦缉活动的军事机构，实际是一个特务机构，直接听命皇帝，对朝中大臣有调查和生杀之特权。

在众多功臣中，除了胡惟庸因为结党而被灭族，接下来李善长因为与胡党一案有牵连，朱元璋为了除去李善长，竟然假托有星变，要杀大臣应灾，逼使李善长自尽，可怜李善长从朱元璋起事便为他效力，最后还是不得善终，77岁的高龄仍然难逃枉死之劫。

然后是蓝玉，他被锦衣卫暗中调查，说他有谋反之意，朱元璋毫不犹豫地下令把他抄斩，灭三族，连带那些和蓝玉有紧密来往的大臣们也无一幸免。两次的杀戮，被称为“胡蓝党狱”，一共被屠杀了五万人。

这样还没有停止对功臣的迫害，大将军徐达背上生痈，不能吃鹅，但是朱元璋却在他病重的时候，派人赐他蒸鹅一味，徐达一见此鹅，便明白圣意，无奈之下，只得当钦差之面吃下，结果背痈发作，当夜便死去。其后，周德兴、傅友德等人都不能幸免。唯独汤和眼见功臣们一一惨死，知道朱元璋对他们这些元勋们的忧虑，于是主动交出兵权，告老还乡，这样才得以善终，而且还得到了朱元璋的厚赐礼遇，算是所有元勋里面最幸运的一个了。

朱元璋虽然创下了比汉、唐的疆域更为辽阔的王朝，但是他不能与汉高祖、唐太宗等一样得到英明君主的称誉，都是和他对功臣们残暴不仁的手段脱不了关系。所以，在善待功臣们方面，他是远远及不上刘邦和李世民。但是也有人会认为朱元璋这么做也是无可厚非，不杀了这些功臣，确实有可能因为他恃功生骄，引发日后祸乱，朱元璋这样做是先发制人，明智之举。不过，虽然朱元璋把功臣杀得殆尽，但是还是无法避免明朝的一场内讧，相信他是到死也没有想到，日后生乱的不是大臣，而是他的儿子！

所以朱元璋残杀功臣绝对是不智的，如果他像李世民那样，用安抚和怀柔的手段，使他们对后来继位的建文帝继续效忠，就不会有燕王的变乱，使明朝帝统更替。李世民当年为太子铺好了后路，使元勋们能死心蹋地继续为高宗效命，使“贞观盛世”得已继续下去，这就是李世民能成为一代明君，而朱元璋却成为历史中暴君之一的根本分别！