晋元帝与地方联系：司马睿指挥陶侃、周访、甘卓、林禄等平定江南后，准备经略北方。此前他只派了军咨祭酒祖逖为豫州刺史北伐，逐步与北方忠于晋朝的各方镇建立联系。北方主要有司州李矩、凉州张轨、并州刘琨、冀州邵续、幽州段匹磾、豫州荀组、青州曹嶷、平州崔毖、辽东慕容廆、辽西段眷等，在长安失陷后那些忠于晋朝的方镇都上书对司马睿劝进，例如在凉州的张寔派牙门蔡忠去建康劝进；刘琨派温峤去江南劝进；慕容廆派长史王济劝进等等，几乎北方主要方镇都派人劝进。祖逖北伐平定了黄河以南地区，联合李矩、赵固、曹嶷等，与刘琨、段匹磾等遥相呼应，有重新统一的趋势。人民都拥护晋朝，拥护统一，司马睿即位后，建康政府恢复了中央政府地位，控制全国大部分地区。晋元帝对与北方联系也很重视，在凉州张骏派傅颖、张淳通京师前，晋元帝就同意耿访、贾陵建立与凉州的联系。对辽东慕容氏因为有海路，相对联系方便些，晋元帝派谒者陶辽前往册封慕容廆官爵，慕容廆接受官职。在慕容廆战胜宇文部后获得了三颗玉玺，他又派长史裴嶷浮海到建康把三颗玉玺献给晋元帝，朝廷加封慕容廆为车骑将军。不久辽西的段末波也学慕容廆主动派人到建康献玉玺。晋元帝在加强了与北方忠于晋朝的众方镇联系同时，也与经内乱逐步恢复的代国联系，他主要派韩畅与代国联系，代王郁律有天下志，但国内晋人和贵族都拥晋，所以在晋元帝称帝初期仍亲晋，没有废代王名号自立，而绝刘石与凉州张氏联系。经过四年后对晋朝的册封不满，拒绝了韩畅来给他加崇爵服。这是晋朝政策有误，对代国的重要性忽视，当年晋惠帝对慕容廆救济难民都加赐命服，仅赏赐礼服显然不能让有天下志的郁律满意，至少在原来食邑两郡的基础上增封邑。郁律在亲晋四年后与晋朝绝交，准备南下，不久被猗迤妻子杀了，代国仍称代王，但是开始与石勒友好，直到晋人王氏的儿子什翼犍即位才重新与晋朝友好。晋元帝与地方联系的政策对北伐实现统一具有良好的作用，对分裂割据政权也产生了影响，三个分裂政权中李雄也受凉州张氏影响，尊晋朝正朔，表示中央要收复中原他就服从。连石勒都没有立即称帝，重用晋臣称王、天王向建康纳币称藩。要不是北伐名将祖逖、周访和重臣贺偱等过早去世，加上内部矛盾影响，晋元帝时期就能恢复实现统一。晋元帝对从地方上到中央的使臣都非常器重，委以重任，比如重用刘琨使臣温峤，后来成为名臣。中央对凉州张氏的使臣也重用，凉州的使臣陈宇、徐虓、华驭等到建康都被任命为国相、县令等职务。慕容廆派的裴嶷到建康后，晋元帝也要重用他，裴嶷表示慕容廆忠于朝廷，我留下会让他对朝廷疏远，因此回到辽东。中央对流亡到地方的司马氏宗室、原政府官员也是通过联系地方征召回到江南的。