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遗憾的是朱元璋的“分封制”为大明王朝埋下极大的隐患。1402年，朱元璋之子朱棣发动“靖难之役”攻占南京，夺取侄儿建文帝朱允炆的帝位，成为历史上的明成祖。

然而，朱棣篡位“名不正言不顺”，遭时人世人诟病（大儒方孝儒仅仅不肯为朱棣效劳就被朱棣“株连十族”，其专制残暴令人发指）。而朱棣的老巢在北平，加之为防范退出中原地区的元朝蒙古残余势力，“身在曹营心在汉”朱棣遂决定迁都北方。

为了顺利完成迁都，住在南京明皇宫的朱棣，早已未雨绸缪，提前仿照当时的南京皇宫（即今天南京的明故宫）的宫殿建筑格局修建了他的新都，即由北平改名为北京的紫禁城（即今天的北京故宫）。1421年，朱棣正式迁都北平（改名为北京）。

朱棣虽然迁都北京，但其父朱元璋建立大明的南京并未因此废除（不像清朝迁都北京后，把南京改名为江宁府），相反，朱棣将南京设置为“留都”并继续保留了六部等中央国家机构。自此，明朝名义上有两个首都即北京和南京。

由此观之，自明成祖朱棣开始，明朝实际实行的是名副其实的“两京制”，从此南京的“应天府”和北京的“顺天府”也就顺理成章的合称为“两京府”了。

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尽管明成祖朱棣迁都北京，明朝实行“两京”制，但是明代南京城仍然是当时世界上最大的首都，而且终明一朝，南京也一直是南方乃至全国的政治、经济和文化中心，著名的《南都繁会图》就见证了留都南京曾经的繁华和地位。

南京不仅在明朝地位独特，即便到清朝时期，在北京仍然为京师的情况之下，南京在南方乃至全国的地位仍然不可小觑，不同的是由东北迁都到北京的清朝此时将南京的名字改名为江宁了。

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本文首发于“头条号@京师大学堂师范馆”，后经过较大的修改重新发表于新浪博客推荐博主博客——“两宁两京的博客”，转载请注明出处或来源。