环磷酰胺的合理剂量是：每日2～3mg/kg，小儿用量较成人稍大，可分两次口服，亦可将2日的剂量加入注射用生理盐水20mL内，隔日静脉注射一次，累积总剂量为150 mg/kg。常与每日或隔日激素疗法同时使用。在用药期间(特别是用药后1～2周)，应定期检查血白细胞。如血白细胞≤3×10⁹/L，应减少本药的剂量或暂停使用。当每日剂量＞5mg/kg，近期副作用会较明显。本药不宜下午6时后使用，以免其代谢产物留在膀胱内时间过长，而引起出血性膀胱炎。环磷酰胺有促使抗利尿激素分泌的作用，使肾脏不能产生稀释尿，故使用本药时，应注意尿比重和血清钠浓度。