纳豆菌里“淀粉酶”、蛋白酶含量也很丰富。食用纳豆后，充满活性的纳豆菌到达肠内，淀粉酶分解淀粉，蛋白酶分解蛋白质、分解出的葡萄糖、麦芽糖又做为纳豆菌的茸料，促进乳酸菌的繁殖。营造了乳酸菌生存环境，双殖杆菌等有益菌也增殖了。提高了整肠效果，防止便秘。

虽然酸牛奶也具有整肠效果，但实验证明，纳豆菌的整肠作用优于酸牛奶，因酸牛奶中含有的双殖杆菌等有益菌经口服，在到达肠内前，大部分被胃酸杀死了；而纳豆菌在恶劣环境下，把自己变成胞子来保护自己。有一部分纳豆菌也被胃酸杀死了，但胞子还活着。纳豆菌在肠内增殖，胞子也发芽，在增殖中，分泌出大量的营养物质如维生素B2，维生素K2，维生素B12等维生素类和钙、镁、钾等矿物质以及淀粉酶、蛋白酶、脂肪酶、纤维酶、纳豆致活酶、溶菌酶等100多种以上的酶类。

 1990年日本现仓敷艺术科学大学的须见洋行教授在研究中发现：“纳豆致活酶”具有溶解血栓的功能。食用一盒（50克）纳豆，4—12小时之后，血液保持稀释状态的时间和效果竟比服用血栓溶解药强数十倍。因此食用纳豆，可以防治脑梗塞、心肌梗塞，老年性痴呆症和血栓症等疾病。
    纳豆菌里含有“超氧物歧化酶”和“过氧化氢酶”。超氧物歧化酶，首先分解“活性氧”，分解物又被过氧化氢酶进一步分解，在它们的双重分解作用下，“活性氧”被彻底分解，从而抑制了人体衰老，保持年轻。

 纳豆中维生素K2的含量特别高，在100克纳豆中竟含有87微克的维生素K2、维生素K2做为介质，促进骨的生成、抑制骨的损坏。虽然正常人和骨质疏松症患者血液中维生素K1的浓度没有多少差别，但是骨质疏松症患者血液中VK2的浓度明显低于正常人。
    纳豆的粘丝中，还含有令人惊喜的成分，它能协助体内消化吸收钙、镁、钾等矿物质，纳豆中含有的丰富的矿物质很容易被人体消化吸收。

    纳豆菌里异黄酮的含量也很丰富。异黄酮在日本是一个很热门的话题，它是在大豆的胚芽里发现的一种新的营养素。它的作用近似于雌激素。妇女更年期综合症就是由于雌激素分泌减少而引起的。由于异黄酮与雌激素具有相似的功能，所以能改善年轻女性的生理机能，减少更年期综合症。豆制品中都含有异黄酮。而通常大豆制品中含有的异黄酮由于上面附着着糖分，所以不能马上被消化吸收：而纳豆菌只有分解附着在异黄酮上糖分的功能，所以提高了异黄酮的消化吸收率。另外纳豆是把整个豆子完整地食用，所以它的异黄酮、纤维素等营养物质含量也优于其它豆制品。

    纳豆菌里含有的卵磷脂，能强力乳化并排泄掉附着在血液及血管壁中的胆固醇。另外大豆里含有18％的脂肪，其中85％是对人体有益的亚油酸和亚麻酸等不饱和脂肪酸，由于亚油酸和亚麻酸与卵磷脂具有相同的功能，所以纳豆不仅能预防血管老化；强化毛丝血管，防治高血压，还能抑制脂肪的沉积。提高能促进脂肪燃烧的甲状腺激素的活性。具有防止多余脂肪沉积的功能。另外还能提高基础代谢，在不做任何运动的情况下，增加能量的燃烧。也就是说：不用特意节食，就能减肥。