玄奘法师纪念堂中供奉玄奘法师坐像，像前的玄奘法师顶骨纪念塔中供奉有玄奘大师顶骨舍利，该寺是世界上保留玄奘舍利数量最多、保存最为完整的寺院。

    玄奘大师圆寂之后，厚葬于长安白鹿原，后徙葬于樊州北原兴教寺。黄巢之乱时，兴教寺被毁，玄奘遗骸被寺僧携至终南山紫阁寺安葬。由于唐末五代时期的战乱，终南山紫阁寺逐渐萧条。至北宋时，紫阁寺已经颓废。当时南京天禧寺住持可政到此处朝山，看到玄奘顶骨无人看护，于是他亲自将玄奘顶骨舍利迎请到南京天禧寺供奉，并在天禧寺东岗建塔，安置玄奘三藏顶骨舍利。玄奘舍利从此与南京结缘。

    玄奘圆寂后，遗骨历经劫难，但很多老南京人都知道，南京保存有两份玄奘大师的顶骨舍利，一份埋在南京九华山的三藏塔下，而另一份的下落却鲜为人知。

    现珍藏于灵谷寺内的玄奘顶骨舍利子，是在宋太祖年间迎回南京的，一度不知所终。1942年11月初，侵华日军在大报恩寺遗址三藏殿后施工时，发掘出一石函，根据石函上宋明两朝所刻说明文字及其他文物印证，才确认石函中正是玄奘法师顶骨舍利。解放后，玄奘法师顶骨舍利先后由毗卢寺、栖霞寺、市文管会供奉保存。1973年，经周总理批准，灵谷寺将玄奘法师顶骨舍利供奉于十三层密檐楠木塔中，成为寺中密藏的镇寺之宝。

    灵谷寺可以说是玄奘大师头骨舍利的祖庭。因为，大师顶骨在灵谷寺安奉之后已经被分供过几次，被迎请到西安、北京、台湾等地，有部分还被迎请到了印度。从这个意义上说，灵谷寺是玄奘大师顶骨舍利的祖庭，就像一个祠堂一样，这儿是最根本的。保存在他处的玄奘大师顶骨舍利，基本上都是从这儿分供出去的。