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各个小巷中发现无名字的信封，里面放着金额不等的现金卡。佐天泪子兴奋地去寻找现金卡，初春与春上衿衣兴奋于美食，白井黑子也受姐姐大人委托，让舍监以为她在宿舍。御坂美琴呢，根据追踪的现金卡找到了布束砥信，竟然是长点上机学园的高中学姐。布束砥信告诉御坂美琴，她放置现金卡的目的是为了消除各处的死角，以便让一些不可行的实验能停止，例如克隆人计划。这让御坂美琴想到校园里有传言，制造Level5的克隆人，而制造克隆人则需要本人的DNA图谱。御坂美琴想到，自己小时候在医院看到一个男孩子在复健，那么努力，可是医生却说再努力也白搭。御坂美琴好伤心，医生说可以去帮助他，只要用御坂的DNA图谱，于是御坂将自己的信息提供了。想到这些的御坂美琴，打算晚上去当年的的那个医院查看。在原来的医院，御坂美琴看到了超磁电炮量产计划“妹妹们”，幸运的是，结论是克隆体的能力大部分是Level2，最好的是Level3，不适合量产，故停止计划。御坂美琴放心了，离开。她不知道的是，这个地方又来了一个人，将她看到的克隆体计划的所有资料都删除了。

御坂美琴遇到了御坂妹妹，两人一起逗猫。因为御坂美琴不是研究人员，无法获取信息，只得到了一个需要解析的密码。御坂妹妹们没有给予正常的生长时间，只是赋予了DNA和学习计划，任何事情都是从学习的资料中获取应对信息。两人分开后，御坂美琴解析了密码，得知了“绝对能力进化计划”。学园都市有7名Level5，如果正常进化，需要250年达到Level6，经过树状图设计者的演算，需要进行128次不同战场的战斗。为了满足数量，再次启用了超电磁炮量产计划，用2万多名妹妹们去进化，从而达到Levle6。而御坂妹妹则开始进行试验，与学园都市Level5第一名“一方通行”战斗，使得一方通行能成为绝对能力者。当御坂美琴找到战斗的场所，看到御坂妹妹受伤，开始战斗，却发现所有招数都对方无效。失落的御坂美琴从一方通行口中得知了绝对能力进化计划的目的，一晚未归，遇到了布束砥信。布束砥信原本参与了御坂妹妹的量产计划，一直到带着御坂妹妹去看外面的世界，听到那句“世界好耀眼啊”，她突然觉得御坂妹妹不只是小白鼠，于是打算通过放现金卡来阻止实验计划。

御坂美琴开始查询研究所，并通过自己的能力通过通信方式摧毁。研究所委托了名为ITEM来自暗部的人来找到御坂美琴，四人为一个小组，兵分两路，有一个人待在研究所在的地方；另外三个人，有一个人能力是爆炸，有一个人的能力是可以追踪AIM力场也就是可以追踪人，还有一个人是学园都市Level5的第四名“原子崩坏”麦野。御坂美琴经过了一番苦斗，遍体鳞伤，终于结束了战斗。御坂美琴来到S制药公司所在，发现资料都删除了，东西也都没了，以为计划终止了。御坂美琴以为一切终于过去了，可以和朋友们汇合时，遇到了上条当麻。没承想，御坂妹妹来到了御坂美琴的面前。此时，御坂美琴才知道，绝对能力进化计划仍在继续中，资料和设备都被交接到其他地方。第一次，御坂美琴觉得，难道学园都市里都是敌人？因为御坂美琴想到，这项计划肯定和超级电脑“树状图设计者”也就是每天在学院都市中进进行信息收集，传递天气预报和相关信息的“神的传播”有关。当御坂美琴询问白井黑子，如果自己做了很多对学院都市不好的事情，她会怎么做呢？白井黑子回答，即使是姐姐大人，也会执行风纪委员的责任。御坂美琴想到，阻止计划的结局是被白井黑子逮捕，也不错。看着御坂美琴离开的上条当麻，遇到了抱着小黑猫的御坂妹妹，御坂妹妹把小黑猫交给了上条当麻。

御坂美琴乘坐观光车去了研发中心，却发现树状图设计者三周前已被击坠，研发中心有一处是交接过来的，御坂美琴全部摧毁了。可是，摧毁着这一切的美琴，却失声痛哭，该怎么办呢？此时，在商店外等上条当麻的御坂妹妹到了开始实验的时候，独自离开，被一方通行杀害。上条当麻根据声音找到目的地，只看到一片血迹。报警无果，全部被清理掉了。警察离开后，上条当麻看到了御坂妹妹们，得知了她们都是军用量产的妹妹们。上条当麻去了常盘台中学去找御坂美琴，为躲避舍监，被白井黑子踹到床底下，发现了御坂美琴之前发现的资料，得知了超电磁炮量产计划和绝对能力进化计划。上条当麻知道，御坂美琴已经知道了这些事情，去找她。御坂美琴打算破坏树状图设计者的演算计划，按照演算，会在第185招输给一方通行，如果自己在第一招就输掉，那么研究者定然要查看原因，重新演算。可是，树状图设计者在三周前已被击坠，所以这可能演算。在上条当麻听来，这是送死的行为，绝对不用让开。如同御坂美琴所言，自己祈求英雄的到来，可是却什么也没有，只有送死这一个方法。可是，上条当麻告诉她，还有一个方法，就是被认为最强的一方通行败给了一个Level0的人，那么这个事情就不行了。上条当麻独自前往御坂妹妹们实验的地方，与一方通行开始战斗。一开始，上条当麻以Level0的状态一直处于被虐，当一方通行打算最后一击结束战斗，没想到，上条当麻以右臂阻挡且将一方通行打倒。正是如此，一方通行大爆发，整个天地都成为他的舞台。御坂美琴想着上条当麻的话，自己也赶了过来，看到当下的情况，叫醒了昏倒的御坂妹妹，让她们利用电磁波去影响了学园都市里的风车，这确实吸引了一方通行的目光。但是，如一方通行所言，因为学园都市最强的就是Level5，可是自己这个实力。一方通行打算放大招，谁知道，却被倒下的上条当麻用“最弱之拳”击败。绝对能力进化计划终止了，御坂妹妹们失业了。御坂妹妹们由于是克隆体，正常寿命很短，只有1-2年，为了让她们延长寿命，只能调整细胞分裂速度，由于数量过多，只能和各机构合作研究，一并进行。日常生活归来！

学园都市要举办学究会之前，御坂美琴一行人遇到了一个可爱的小女孩菲布莉，没有找到她的资料，只能送她到福利所，办理好手续之前由几个女孩子一起照顾。菲布莉遭遇了袭击，住院，才得知，原来菲布莉不是人类，是人造生物，吃那么难吃的糖是为了解毒素，只有72个小时的食量。医生告诉御坂美琴，学园都市有一个黑暗组织，是警备员也没法插手的，也是他们造的菲布莉。想到妹妹们，御坂美琴打算独自去解决此事，可是看到白井黑子的眼神和话语，想到婚后光子关于好朋友有难同当有福同享的说法，御坂美琴将事实告诉了小伙伴们，小伙伴们一起开始调查。

查到，此次参加学究会的有一个人叫有富春树，STUDY实验室。当御坂美琴来到STUDY等人的面前，才知道STUDY的人，打算打破能力者等级主义，向世界证明自己的优秀和正确性，于是利用了布束砥信之前的实验，研究出了菲布莉和菲布莉的姐姐佳妮。布束砥信也在其中，因为自上次布束砥信在行动中被暗部的ITEM等人擒获后，就被卖到了STUDY，告诉菲布莉，御坂美琴名字的人就是布束砥信，她原本打算利用在里面的条件，寻找机会，来偿还自己之前实验的过错。谁知道，有富春树也在放着布束砥信，让御坂美琴注射了药物却不告诉答案，打算在明天的学究会上展出自己的效果。于是，幸好提前在自己身上放了追踪，御坂美琴被白井黑子带了出来，布束砥信则假装悔改，继续留在STUDY。在御坂美琴觉得既想将事情解决，却又不想让小伙伴们有危险的时候，小伙伴们却已经开始做自己能做的事情。

终极大战开始，以风纪委员为代表的固法美伟学姐带人、还有婚后光子等人阻挡STUDY研究的机械铠；初春饰利、佐天泪子、白井黑子各自发挥着自己的长处在战斗，御坂美琴带着菲布莉前往有富春树的所在。想到上条当麻所说的，“我的梦想是不失去任何东西，让所有人笑着回来”，大家合力之下，终于将佳妮救醒。这个过程中，自然少不了我们可爱的呆萌的御坂妹妹们的参与。

第二季的故事，最惊喜的是御坂妹妹们，她们太可爱了。剧中的关于一系列的特有名词或者是高科技的说法，我统统都是忽略的，作为一名理科生，真的是汗颜！