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初中生小林，男，长得像个女孩子，被发现躺在教室，教师已死，成为嫌疑犯被带走。班长羽柴同学，一路跟着，表示不可能是小林。羽柴是羽柴集团家的小少爷，家中非常有钱，一直督促着小林要好好上学，考试。在警局，小林认识了侦探明智。小林对于日常生活和学校生活非常不感冒，所有人在他看来，如同灰色剪影般，只有感兴趣时，人的形象才会展现出来。小林对于搜查犯罪非常感兴趣，与明智约定，找出凶手，成为他的助手，担心小林的羽柴一直陪着他。经过小林的调查，并由羽柴协助，发现原来凶手是同班的一个同学，由此也引发出了人体椅子案，变态的爱。之后，小林获得了见习证书，成为了明智的助手。

后面的日子里，小林、羽柴与加贺美警官、中村警官越发熟悉，也一起经历了“影男”，也是便装男事件；影男是一个变装天才，他可以变装成任何一个男性。小林为了调查真相，伪装成少女，终于引出了影男时间背后的真正凶手——一个落魄的富二代。谁知，被捕后的凶手却因精神有问题，迅速被释放。自此，小林经常喜欢穿上裙子，说是方便。

开始出现二十面相时间，只要是此类案件，小林发现，明智不用别人说，就会要过来，主动参与。令人吃惊的是，这一次被捕的二十面相的凶手竟然是加贺美警官。原来，加贺美和妹妹相依为命，当加贺美成为警官后，一直想成为英雄，可是现实的黑暗让他的梦想却步。而且加贺美的行为使得罪犯对他妹妹下手，又因精神问题被释放，加贺美非常痛苦。当三年前，以断罪者身份出现的二十面相时间发生的时候，加贺美找到了一个出口，自己也称为了怪人二十面相，去行使着正义的权利。加贺美警官被捕，但是为了各自的正义和愤怒，二十面相会越来越多。

明智小五郎，高中生，基本没有朋友，智商很高，就连大人都跟不上他的思维。初中时，明智看到一张数学理论演练纸，主动说话的第一个同龄人——浪越，第一次发现对等的存在；两个人倾注一切，一起演算，推导出公式，出现了二十面相。可是，明智却发现计算中存在致命的错误，浪越无法接受，要证明给明智看，这是最后一次说话。再次见到浪越，带有二十面相面具的浪越自焚了，这就是新宿三年前的自焚事件，浪越也是初代二十面相。之后，各地不断出现二十面相的效仿者，明智开始追查二十面相的所有事件。头衔和地位也随之而来，成为了宫内厅认证的特定未成年侦探。现在的明智，爱喝咖啡，老是头痛。

小林得知了明智与二十面相之间的关联，主动拉着羽柴一起要帮着解析二十面相的公式。明智打算通过每一次二十面相出现的时间录入公式，解析公式，从而推断出后续事件的发生时间等。羽柴利用下课后的时间来明智的住处帮忙整理资料，而小林则直接请假，因为他觉得上学、考试都没有意思。小林在二十面相的论坛上发现有一个自称“后继者”的人挑衅明智，因为明智的存在会使得二十面相的效仿者警惕，为了扩大二十面相的影响，那么就要证明明智的无能。在小林无意识中说出，要站在当事人的角度来考虑，明智成功将公式解析，那一刻，就收到了自称是“二十面相后继者”的人来的来电挑战。小林询问羽柴，如果自己被杀的话，他会怎么样？羽柴回答，自己不会让这个事件发生的。

在一场医学会议中，主讲人宗像教授成为目标。因为宗像教授的一个患者小男孩的姐姐发现，宗像教授在给弟弟动手术时，用了非法脑硬模，弟弟在手术后一个月就去世了。这个姐姐竟然是每次出现死者时，进行解剖的验尸官南。明智提前通过公式计算已经得知了这个事情，因此提前将验尸官南放入饭菜中的东西进行了替换，警察也出现在了现场，明智以为二十面相的事件要结束了。可是，出现在大屏幕上的人，竟然是浪越，脸上带有伤疤。明智等人赶到浪越的所在，虽说明智有很多话要问浪越，浪越却在众多的二十面相效仿者的安排下离开了，验尸官南被铺只字不提。回过神来，羽柴发现小林不见了。原来，小林被浪越带走。浪越告诉了小林怪人二十面相当年的事情。

浪越是一个温暖的孩子，可是他有一对古怪的父母，考试第二无法接受，不允许在家中带着耳机；在学校里，浪越收到同学们的欺凌；所有人在浪越看来，都长着一副面容，带着骷髅头。之后，浪越与明智相遇了。浪越打算创造自己的“恶魔”暗黑星，使用混沌理论，改变世界。家中和同学的欺凌仍在继续，可是只要和明智待在图书馆（用明智的话说，那个地方是他的，没有人会来打扰），浪越就觉得非常开心。在一次等待浪越，迟迟未至时，明智前来找，与那群欺负浪越的同学打了一架。明智很喜欢浪越听的歌曲，很喜欢浪越的笑容。欺凌仍在继续，明智被浪越的父母误以为是欺负自家孩子的人，浪越又听闻，高年级的前辈要针对明智。浪越开始验证自己的规则，双亲、那些同学，都以各种方式去世，现行法律下无法定罪。这个时候，明智找到浪越，说是计算公式有错误，公式创造者会死亡，也就是说两个人中的一个会死亡。像明智其他人一样否定浪越，这让浪越无法接受，因为浪越认为自己一个人无能为力，可是那个规则是两个人的全部，不认为有错误，决不放弃。之后，浪越开始独自一人继续计算公式，匿名断罪系统——怪人二十面相出现。由验尸官南协助浪越，并逐步爆出浪越的信息，二十面相开始受到广泛关注。

浪越预告了二十面相的时间，带着小林出现在众多大屏幕前，众多二十面相的追随者自发地出现。浪越直接追问，侦探明智能否阻止，身处警局的明智被媒体和二十面相的追随者包围。时间到了，一个个少年不断地跳下高楼，这一切都被播放了出来，原来是二十面相的追随者让记者报道。明智开始和众多二十面相的追随者战斗，打算突破出去，幸好便装男出现解围，又幸得羽柴骑着摩托车载他过去。路上又得到黑蜥蜴的两个手下帮助，明智和羽柴终于来到了现场。浪越借由大家的死亡，使得规则成立。而如果明智放弃了哪一个人，都会使浪越的理论成立，明智都会被大家唾弃。想阻止小林的明智，却被小林告知，自己一直觉得很无趣，自从成为明智的助手，生活很有趣，这种利用自己生命的机会，要好好利用。如同浪越所说，既然明智来了，则其他人就不需要再跳楼了，小林和浪越前进就行。就在两人跳下去的那一刻，浪越被明智拉住，小林被羽柴拉住。触摸到羽柴的泪水，小林好好听着羽柴的话。明智让浪越看，结局被阻止了，可是，浪越却说，如果自己不前进，就会被放弃的，松开了明智的手，掉了下去。

一切都结束了，小林被护送走，明智询问羽柴为何会这样做？羽柴回答，自己是羽柴家的人，自命清高，从小没有什么朋友，4年级的时候，小林来向他搭话，骂跑了说羽柴坏话的人，成为了朋友。浪越作为二十面相成为了传说，还是有众多二十面相的拥护者们行使着所谓的正义感，这种做法对坏人形成了一定的威慑力，但是真的能改革人心吗？

浪越的遗体，一直没有找到。虽说生活仍然很平淡，但是小林觉得，这样好似也慢慢有趣起来了。

这部动漫有点不是很明白，小林的视角，灰色剪影是不感兴趣，感兴趣之后才会出现完全的影响，这个是明白的。羽柴同学对小林的关心，到最后也是明白的，因为他是他的朋友。明智与浪越之间的关系，是明白的，是好朋友，但是无法认同对方的做事。不明白的是整个基调，我想我可能没有理解吧，例如出现的影男，一下子就变成和另一个人一模一样，现实中是不可能的；例如黑蜥蜴，感觉有受虐狂，只要是明智对他恶言相向，她就非常开心，穿着暴露，行事怪异。加贺美警官的选择是不对的，却在一定程度上，觉得是可以理解的。不停扇动着翅膀，飞翔的蝴蝶，有种寓意在里面，我却未能领悟。每一个案件背后，都有着一段故事相随，给大家留下了思考，我想这一点可能是有趣的。

真心话，浪越听的那首歌，真的好好听。