驻守长沙期间，因为兵员严重不足，章旷南下攸县征兵，就在他离开的时候，长沙的明军将领竟然为了个人利益自相残杀起来，开府长沙的大帅何腾蛟差点没搭上一条命去，一边是清军的步步逼近，一边是自己人的严重内讧，章旷只得再次向南撤退。凶残的清军已经尾随而来，在这千钧一发之际，跟随章旷的将领满大壮带着仅剩的三十多个人杀入了敌阵，一边走一边回头跟章旷说：“总督先行，某来断后，今生不复相见矣！”章旷眼见着满大壮冲向敌阵，

杀死了很多清军，最终被清军乱枪戳死在战场，悲痛之情简直无法用语言来形容了。所幸他的亲兵极为忠诚，生拉硬拽地把他拖到了衡阳，这才与先期败退到这里的大帅何腾蛟见上了一面。

屋漏偏遭连夜雨，南明王朝的最后一位皇帝永历帝这时竟然被部下劫持到了武冈，何腾蛟奉密诏前去救驾，苦于手头无兵，只好去广西招募部队勤王，整个湖南的战局只得由章旷一人来承担了。

章旷带着一千残兵，最终来到了永州东安，心力交瘁的他预见到自己即将离世，将所有的军务托付给手下蒙正发，还给蒙正发寄了一首诗：

“血为水火心作炉，熔铸湖南土一块；

指心誓日与子期，死报君恩身不爱。”

临终之前，章旷还在厉声激励蒙正发：“我期望你成为刘琨、祖逖，不要效仿小儿女为我哭泣。”就这样，一代孤臣章旷在内忧外患中凄然离世，年仅35岁。

王夫之得知老师章旷离世的噩耗，写下了一首《潇湘怨词》：

“残烟古堞接湖平，认是湖南第一城；

云闪灵旗魂四索，波摇旅梦月三更。

愁中孤掌群眉妒，身后伤心九庙倾；

近筑巴丘新战垒，可能扶目看潮生。”

在天崩地裂的乱世之际，这位来自直隶华亭（今属上海）的读书人，以生命为笔砚，在青史上写下了璀璨而辉煌的华章，湖湘人将永远记住章旷——明末湖南史上最悲壮的一代孤臣。