在果酱的加工过程中，水果中热敏感的物质（如维生素C）流失比较严重，一般可通过加入抗氧化剂或改善加工工艺（微波热烫、真空浓缩等）来缓解。而矿物质（如钾、锌等）性质稳定，在果酱中可以完好的保存下来。

果酱细软、酸甜，拥有各自水果的营养成分，营养极为丰富。婴幼儿吃果酱可补充钙（低糖果酱加工时，会加入氯化钙促进胶凝）。果酱中丰富的钾能消除疲劳，锌能增强记忆力。同时，果酱不会增加身体胆固醇和脂肪含量。

很多人都以为果胶那种凝冻一样透明有弹性的质感，是因为加了凝胶剂。其实不然，水果中天然富含一种凝胶物质——果胶。在制作果酱的过程中，这种果胶被改良活化，使果酱呈现了独特的质感。果胶还是果酱中非常“典型”的营养素，它实际上是一种柔软的膳食纤维，不但比普通的粗纤维吸水性更强，还不会像粗纤维一样有伤害食道或胃肠道的危险。果酱中被活化后的果胶，预防癌症的能力更强。