自噬现在作为细胞研究的热点领域，自然与其特殊的作用有关，但不能把其作为解决以前不能解决之问题的“万金油”，这一倾向在发现凋亡、miRNA后出现过。我们有时候需要跳出这个圈子来看圈子里的问题。
    当细胞所处的环境发生改变时会发生什么样的反应？
1）适应：通过内部的调整，达到一个新的平衡点，继续存活。2）不适应：通过内部的调整，无法平衡，死亡。问题来了，怎么死的？因为现在人们可以观察到至少3种死亡方式：坏死、凋亡、自噬样死亡。死了就死了，分那么多方式干吗？我想，有必要分清楚这3种死亡方式的不同和好处：
坏死一般认为是刺激过于 剧烈，细胞没时间也没法修复，被动死亡，内容物释放。
    凋亡是众所周知的主动的、不可逆的死亡，个人认为，（1）引起凋亡的刺激与引起坏死的刺激在强度上应该弱一点。（2）“主动”的意思就是死了比活着好。对谁好（有利）呢？凋亡细胞自己已经死了，那么只可能是周围的细胞了。确实如此，凋亡时细胞被“切碎”，里面的成分纷纷变成了熟的“易消化”的食物，以方便周围细胞易摄取。因此，凋亡应该是一个群体水平的概念，是群体应对不利因素时依靠牺牲部分个体来维持群体继续存活的机制。
自噬样死亡到目前为止还只是一种现象，因为我们只知道细胞自噬样死亡时胞浆中存在大量液泡，且在形态学上与凋亡有一定的区别，而对自噬与死亡的因果关系尚不清楚，更不知道它对群体有什么好处、与凋亡相比刺激信号有什么不同。就目前的研究进展来说，自噬是肯定的，鉴定和监测方法也较成熟，但自噬样死亡是模糊的，鉴定比较困难，且尚需生理情况下和临床的研究证据来支持。
不肯定的、模糊的地方也就是值得研究和探讨的地方，大致有：
1）继续进行自噬相关蛋白的鉴定及功能研究（不应局限于自噬）
2）自噬过程本身的机制研究（比如捕获胞浆成分的特异性问题、膜的发生、自噬相关蛋白的转位及组装）
3）自噬的调控（包括自噬激活信号到beclin-1之间的传递通路及相关调控蛋白的鉴定、自噬固有过程本身的调控）
4）明确自噬与细胞存活、死亡的关系（是属于内部调整的范畴还是细胞命运的结局？）

当这些基础性研究完成了，应用性研究的前景才会明朗。