在处理过的培养细胞中（它们表达多聚谷氨酰胺突变蛋白），雷帕霉素是可以通过抑制天然的大自噬抑制剂-mTOR而激活大自噬。用雷帕霉素处理细胞可以增加易聚集蛋白的清除。已经在表达突变α-synuclein的细胞以及在表达突变易聚集tau蛋白的苍蝇中获得了同样的结果。

    用一种雷帕霉素的同系物——CCI-779 处理亨廷顿病的小鼠模型，研究表明：大自噬的激活不仅可以降低聚集体的形成，而且可以改善动物的四种不同任务的行为表现。基本水平的持续大自噬活性是维持神经元的内稳态所必需的。此外，因为聚集体和大自噬分子重新定位于细胞的特定区域以利于聚集体蛋白的清除，所以大自噬对聚集体的清除具有一定程度的选择性。

    目前关注的焦点是找到激活大自噬的其他方法。尽管雷帕霉素已经被批准用于其他疾病的治疗（目前用于一些癌症的治疗），但与许多其他细胞过程相关的激酶会成为药物的靶物，可能会产生严重的副作用。用不依赖mTOR而激活大自噬--锂作为治疗药物可以促进细胞和亨廷顿病的果蝇模型中聚集体的清除。未来的研究需要评估药物的选择性以及对自噬功能的长期作用。