在自噬的情况下，大自噬和CMA的活性都会随年龄增长而下降。控制大自噬的胰岛素信号机制的下调会降低大自噬通路在应激条件下的活性。另外，自噬体的清除也会出现障碍。未降解的产物在溶酶体内的积聚可能是自噬体内的底物出现降解障碍的原因。是否关键性的自噬相关蛋白在老化相关方面的改变导致大自噬障碍的原因已经成为许多研究的主题。在较老的动物中，溶酶体受体水平的急剧降低是CMA随老化而活性降低的一个主要原因。由胞液的分子伴侣所识别的底物蛋白在缺乏受体时不能与溶酶体膜结合，并会在胞液中停留较长时间，增加不可避免的损伤机会。CMA受体在溶酶体隔室内的不稳定性可能是此种蛋白水平在老化机体中降低的原因。