寺庙布局是集石窟艺术、祁连山风光和裕固族风情于一体的旅游区。

马蹄寺石窟的独特之处在于千佛洞有500多个摩崖佛塔窟龛，规模宏大；金塔寺中的大型肉雕飞天古朴稚雅，为国内仅有；普光寺的三十三天洞，上下五层二十一窟，宝塔形排列，内有佛殿，外有回廊，共开内外窟龛达49孔之多，造型奇特。马蹄寺环境秀丽，山青、水秀、峰奇、洞异堪称四绝。游客在这里旅游还可以住裕固族帐篷，喝青稞酒，吃手抓肉，体验草原游牧民族独特的生活方式和文化特色。

寺院自建寺以来，香火就极为鼎盛，最盛时的僧众可达1000余人，而建国初期僧众也尚有50余人，足可见历史上马蹄寺的辉煌。

文革时期，马蹄寺再一次遭到严重破坏，不仅寺中石窟、壁画、佛像几乎被毁坏殆尽，就连石窟外的建筑都荡然无存。

可以在马蹄寺裕固族帐篷内欣赏到裕固族欢快热情的草原歌舞，并品尝独特的银碗美酒和手抓羊肉。

这里有数不清的石塔和凿于峭壁上的千佛洞，三十三天、藏佛殿、马蹄殿、药王殿、格萨尔王殿等，堪称中国石窟艺术的杰作。此外，开阔宽敞的兰花坪，如五朵莲花盛开的莲花峰，飞流直下的临松瀑布，葱茏的原始森林和可一试骑姿的草原，更是叫人流连忘返。