普宁寺始建于清朝乾隆二十年（1755年）。清朝军队平定了准噶尔蒙古台吉达瓦齐叛乱。冬十月，厄鲁特蒙古四部来避暑山庄朝觐乾隆皇帝，为纪念这次会盟，乾隆仿照康熙与喀尔喀蒙古会盟建立多伦汇宗寺先例，清政府依照西藏三摩耶庙的形式，修建了这座喇嘛寺。

清乾隆二十年五月（1760年），清政府派班第为大将，出兵讨伐厄鲁特蒙古准噶尔部的反动头目达瓦齐叛乱。清军直达新疆的伊犁，达瓦齐闻讯逃到天山之南，被维吾尔族首领霍集斯擒获，压解到清军营内。准噶尔部另一个反动首领阿睦尔撒纳在霍集斯擒住达瓦齐后仍继续叛乱， 并勾结沙皇俄国等外部势力，当遭到强大的清军攻击后，阿睦尔撒纳兵败逃亡俄国。两股叛乱军队被剿灭后。乾隆为了纪念两次平叛的胜利，在承德避暑山庄为厄鲁特四部（准噶尔、杜尔伯特、辉物和硕物）上层贵族设宴封爵，因为清王朝政府信奉藏传佛教，故仿西藏桑鸢寺，在山庄北部修建了清王朝第一座皇家寺庙，“普宁寺”。

 

1985年，被国务院宗教局批准为宗教活动场所。

1994年，被联合国教科文组织批准为世界文化遗产。寺庙占地33000平方米，有殿堂、楼阁各类建筑29座，帝佛合一的格局，既有金碧辉煌皇家寺庙的宏大规模，又是佛门圣地“曼陀罗佛国世界的中心”。 

2007年，普宁寺被评为中国首批5A级佛教圣地。