由于该案涉及强奸、故意杀人两个罪名，云南省高级人民法院除对涉及个人隐私部分不公开开庭审理外，公开开庭审理了本案。云南省人民检察院派员出庭履行职务，附带民事诉讼原告人及其诉讼代理人、再审被告人李昌奎及其辩护人均到庭参加诉讼。

　　云南省高级人民法院再审查明，被告人李昌奎曾到王家飞（被害人，殁年１９岁）家提亲遭到拒绝。２００９年５月１４日，李昌奎之兄李昌国与王家飞之母陈礼金又因琐事发生纠纷，李昌奎得知后从四川省西昌市赶回云南省昭通市巧家县。同月１６日１３时许，李昌奎在途经王家飞伯父王廷金家门口时遇见王家飞、王家红（被害人，殁年３岁）姐弟二人，与王家飞发生争吵并致扭打。李昌奎将王家飞掐晕后实施强奸，在王家飞醒后跑开时，又用锄头打击王家飞的头部致王倒地。随后，李昌奎提起王家红的手脚将其头部猛撞门方，并用绳子勒住二被害人颈部后逃离现场。经法医鉴定，王家飞、王家红均系颅脑损伤伴机械性窒息死亡。同月２０日，李昌奎到四川省普格县城关派出所投案。

　　云南省高级人民法院经再审认为，被告人李昌奎因求婚不成及家人的其他琐事纠纷产生报复他人之念，强奸、杀害王家飞后，又残忍杀害王家飞年仅３岁的弟弟王家红，其行为已分别构成强奸罪、故意杀人罪，且犯罪手段特别残忍，情节特别恶劣，后果特别严重，社会危害极大，虽有自首情节，但不足以对其从轻处罚。原二审判决认定事实清楚，证据确实、充分，定罪准确，审判程序合法，但对李昌奎改判死刑，缓期二年执行，剥夺政治权利终身，量刑不当。依照最高人民法院《关于执行＜中华人民共和国刑事诉讼法＞若干问题的解释》第三百一十二条第（二）项的规定，改判李昌奎死刑，剥夺政治权利终身，并依法报请最高人民法院核准。