关于科尔沁的古代历史，有文字记载就有5000年的历史。

   春秋时代（约公元前771年至公元前476年），这里居住着东胡、室韦等游牧部落。

    战国时期，燕长城以南归燕国的辽东郡和辽西郡管辖。

秦代，东西辽河一带隶属于辽东郡和辽西部，嫩江流域仍由东胡人驻牧。

    西汉时期，游牧于嫩江流域和东西辽河流域的主要是东胡人的后裔鲜卑人和乌桓人，东西辽河以南部分地区归玄菟郡、辽东郡和辽西郡管辖。

   东汉时期，嫩江流域隶属夫余，燕长城以南隶属于东汉的辽东郡、辽西郡。

   三国时期，鲜卑人大规模内迁，东西辽河流域隶属于东部鲜卑的慕容部。

   西晋时期，嫩江流域为夫余国属地。

   东晋十六国时期，燕王慕容的势力达东西辽河流域。北部隶属于契丹。

   南北朝至随唐时期，北部隶属于契丹，南部隶属于韦室。

    唐代，在契丹地设绕乐都督府，后设松漠都督府；在韦室地设韦室都督府。唐末，嫩江流域部分地区归渤海夫余府管辖。

    然后进入辽金时期。

   辽代属于上京和东境、东京北境；金代分属上京、北京及咸平路。从蒙古汗国时期归哈萨尔后裔，直到16世纪上半叶。元代，哈萨尔后王八不沙被封为齐王，在山东得到大片食邑，享用那里的税赋。16世纪上半叶，哈萨尔后裔诸分支各自为政，有些部落继续游牧在兴安岭以北的草原，包括毛明安、四子、乌拉特和阿鲁科尔沁等；有些部落开始南下，到兴安岭山阳。16世纪30年代，哈萨尔14孙奎蒙克塔斯哈喇率部迁移嫩江流域，继而南下，最后形成了疆域十分辽阔的“科尔沁”游牧所在。

    1593年，科尔沁首领们联合海西女真和锡伯等部族，以九部联军势力进攻努尔哈赤，失败。1603年，蒙古林丹汗即位，十余年后，和努尔哈赤严重对抗，企图以武力统一包括科尔沁部在内的东蒙各部。因此，奥巴晖台吉为首的科尔沁贵族为了联合努尔哈赤对付林丹汗，和后金建立了密切的关系。是部与后金（即后来的清朝）的关系经历了两个历史时期：其一是双方平等关系，共同对付林丹汗：其二是科尔沁臣服于清朝，从平等联合降至清朝的“不侵不叛”之臣，成为大清王朝的坚固“屏藩”，列为内蒙古二十四部之首。

    奥巴晖台吉有功于清朝，被封为第一代土谢图汗，其弟兄也得到了清廷的丰厚礼遇。他们的后裔被清朝封为亲王、郡王、贝勒、贝子、镇国公、辅国公、台吉等爵位，设旗偏左，在所辖游牧地有扎萨克旗六个，世袭罔替。六旗地界东至扎赉特，西至扎鲁特，南临盛京边墙，北靠索伦地区。我们通辽市更名前的哲里木盟，位居科尔沁腹地，科尔沁六旗隶属于哲里木盟，受盛京将军节制。

    在清朝中期，清廷对蒙古地区采取“封禁政策”，不许内地汉民流入蒙地居住、开垦、采矿和从事其他经济活动，也禁止蒙汉民族之间的各种往来。但是，清中叶后，在郭尔罗斯和科尔沁地区，已有内地流民开垦种植。到19世纪初，科尔沁地区汉民人数剧增，土地被大量开垦。为了处理蒙汉民事纠纷，在科尔沁各旗设立府、厅、州、县，出现了旗县并存局面。后来这些县成为独立于旗之外并与旗平行的行政单位，科尔沁牧地缩小，蒙汉人口比例发生了巨大变化。这对科尔沁经济、社会、文化的发展都产生了很大的影响。