尽管木霉不如链孢霉扩散速度快，但由于生产条件的高度一致，往往导致成批污染，损失严重；对木霉污染菌袋的处理应本着能治则治、见机行事的原则。

（1）对小斑点性、斑块性污染，可采取局部注射药物办法。即便是菌种袋，只要杀死霉菌，虽然该袋不可做菌种使用，但仍可出菇，尚可挽回部分损失；对于出菇袋，则更是如此。具体方法是：将“菇老爷”牌高效绿霉净每袋（10克）兑水5公斤，注射到感染部位。

（2）对大斑块性污染，也可注射高效绿霉净等药物，但需加大用药量。

（3）对成片性初发污染，可采取药物“洗澡”的方式，首先将成片感染的部位用小刀切除后，再将整个菌袋置于绿霉净药液中浸泡滚动一下拿出，然后单独发菌，采用覆土方式出菇。

（4）对发现偏晚、污染严重的菌袋，使用药物已无济于事时，可作为废料处理。

（5）处理注意事项如下。①无论污染程度如何，一定要剔出培养室单独处理，不可同室操作。②注射药物应根据发生污染的时间及程度确定浓度及用药量，如其菌丝深入料内数厘米时，必须相应提高浓度并加大用药数量。③药物泡袋亦应根据污染程度确定浓度及浸泡时间，以“菇老爷”牌高效绿霉净为例：每袋绿霉净10克兑水5公斤，浸泡2-3分钟为宜，严重时可适当增加时间或提高浓度。④低温季节如气温低于4℃以下，可将药物处理后的菌袋置于棚外单独发菌，一般该温度条件下，木霉不再发展或发展的非常缓慢，并由于药物的作用，使之慢慢失去活性，待气温回升或置于棚内时，食用菌菌丝仍可继续生长。

  （6）菇房的处理也非常的关键。应该每间隔4天左右使用“菇老爷”牌“随缘100烟雾弹杀菌剂”熏蒸一次，可有效的控制绿霉的扩展和蔓延。