朝鲜在16世纪末，17世纪初，受到日本的丰臣秀吉以及清军的入侵。这对此后朝鲜的对外关系、国内的思想状况以及对西洋学术的态度等，都产生了很大的影响。

针对日本的侵略，明朝向朝鲜派遣了援兵。因此，当时在朝鲜，“尊明”的意识很强。此后，清军入侵朝鲜，以及明朝被清朝灭亡后，“尊明排清”的思想抬头。但是实际上，朝鲜和清朝不得不缔结了册封体制(丁卯胡乱清朝与朝鲜结兄弟之盟，丙子虏乱清朝与朝鲜结君臣之盟)。由于“中华”之地已被“夷狄”的满族所统治，因而“中华已移至朝鲜”这样的思想意识也增强了（李朝实录中所见，成宗二十卷三年成化八年七月十日条为最早，其中有云“吾东方, 自箕子以來, 教化大行, 男有烈士之風, 女有贞正之俗, 史称小中华”。由此条记事可知，“小中华”之称更早于此时。关于小中华的记事，明亡后的尤多）。

这些观点，此后强化了朝鲜思想中的华夷思想、名分论的正统意识，并对其对关系及接受外来文化给予了很大影响。特别是在学术方面，给予所谓“学统”问题以很大影响。即认为明朝灭亡的同时，儒学之学统的嫡系移至朝鲜。给予朝鲜思想以很大影响的李恒老对他的弟子这样说道：“西洋之乱道，更堪忧虑。天地间一脉阳气，岂存于吾朝鲜乎。若连此也遭破坏的话，天心岂忍此哉！吾人为天地而立心，以彰明此道，须急急如灭火。国之存亡，还在其次。”

在学术上的极端正统的观念下，不要说限定儒学的有效范围，即把朱子学以外的学问或朱子学系的其他学派也都作为“邪学”——这样的思想，不仅仅引起了激烈的党派之争，而且连西洋的学术、清朝的学术，也被当作“夷狄之学”而加以排斥。

    明末的1603年，虽然汉译西洋书传到了朝鲜，但也因明朝的灭亡而遭阻碍。此后，对于清朝之学术的重新繁荣，虽也产生了“北学”论，产生了丁茶山等的“实学”主张，但又因把清朝和西洋都作为“夷狄”而遭到阻碍。