该技术具体操作步骤是：医疗人员从身体健康的自愿捐献者收集粪便后，先在实验室进行处理，只保留粪便内健康的微生物群。然后拿到零下80摄氏度的冰柜冷冻，待需要移植时才解冻。粪便移植术则是通过普通胃镜或大肠镜的内窥镜技术灌入患者肠道内。

    有报道说，由于近年来有越来越多人对抗生素产生抗药性，虽然抗生素治疗对大多数患者奏效，但感染复发率介于15％至25％，另有约两至三成患者对抗生素治疗没有反应。

    患者长期服用的抗生素会打乱体内正常的微生物生态平衡，有时会无法消灭一些抗药性强的坏细菌如艰难梭菌（clostridium difficile）。艰难梭菌大量繁殖所产生的毒素会引发肠道系统感染，轻微者会出现腹泻和粪便出血等症状，严重者则可致命。

    当感染艰难梭菌的患者出现腹泻症状后，医生才会建议病人停止服用抗生素，或者选择药力更强的抗生素杀死艰难梭菌。如果不见效，才考虑进行粪便移植术。

    受艰难梭菌感染的患者大多是有多种疾病的老人，他们的抵抗力自然较低，很难单靠抗生素复原。受细菌感染的腹泻患者可在移植粪便后的两三天内看到效果，有报道一名接受手术患者，从原本每天腹泻12次减少至每天两三次。

    由于粪便移植术仍属于体外移植技术，因此捐献者须经过严格筛选、检测和测试。

    研究发现，粪便移植术对糖尿病、肥胖症或过敏性肠胃等病症的效用有待观察，此举可扩大粪便微生物的医疗功效。