明朝万历三十二年，也就是公元1604年，由东林学者顾宪成等人重新修复并在此聚众讲学，他们倡导“读书、讲学、爱国”的精神，引起全国学者普遍响应，一时声名大著。顾宪成撰写的名联“风声雨声读书声声声入耳，家事国事天下事事事在心”更是家喻户晓，曾激励过多少知识分子，对我国传统文化思想发展促进极大。有“天下言书院者，首东林”之赞誉。东林书院成为江南地区人文荟萃之区和议论国事的主要舆论中心。

    2002年全面修复，有石牌坊、泮池、东林精舍、丽泽堂、依庸堂、燕居庙、道南祠等建筑。