旃檀林全寺由四座厅堂式居室和宫殿式大雄宝殿组合而成。东为僧房和寮房，敞厅堂，三层楼阁，有内落水小天井。西为云水堂，敞厅四开间，二层楼，小天井。僧房和云水堂之间为前厅，内有板壁隔成弥勒殿、韦驮殿，进深20.5米，殿两侧是两层楼阁，韦驮殿前二个小雕像，一个是济颠和尚，一手拿着薄如纸的小酒盅，另一手摇着破芭蕉儿，笑盈盈，喜哈哈，手舞足蹈，似酒醉归来，逍遥自在。另一个是疯僧，赤足，手挥佛尘，左肋下夹着一把扫帚。据说，这是南宋风波和尚，他疾恶如仇，痛恨害死岳飞的奸臣秦桧，一心想扫灭秦贼，拿着扫把，只要是人群集聚之地，即使很清洁，他也挥动扫帚地，说是“扫秦”（意扫清），激发人们共同除奸，韦驮殿里，韦驮身着铠甲，手扶金刚杵，面对大雄宝殿佛像而立。弥勒殿里供的阿弥陀佛，加上在边的观世音菩萨，右边的大势至菩萨，合称为“西方三圣”。

从韦驮殿向左，进门又是一幢楼阁，楼上佛堂宽敞，楼下厅堂高大，古色古香。厅前天井狭长，左右为库房、僧寮。由韦驮殿向右，进角门穿过楼间小巷，是又一组楼堂。楼下三间敞厅，屏风后和左右两端有十间客房，楼上佛堂周围有十余间客房，三楼也是接待香客的住房。楼前天井，上有巨幅《墨龙行云图》，左右上方还有《芦雁秋景》、《秋菊傲霜》和春蘭、冬梅等小品图画。古雅清幽，可供观赏。在两厢楼住间，有《西游记》小说人物唐僧率孙悟空、猪悟能、沙悟净西天取经的雕像，四人风尘仆仆，远道而来，各自伫立于廊下一角，好像等待寺中住持和尚出来迎迓款待，十分有趣。

殿堂正中供奉着释迦牟尼佛像，两旁侍立的是阿难、迦叶，两侧是观音、地藏等。观音像两侧有“金童”、“玉女”，地藏像两边有闵公、道明侍立。大殿两侧依墙而塑的十八罗汉，与祗园寺的十八罗汉各有千秋，自台基上至殿梁间，塑的是大海波涛，十八罗汉或立、或坐、或昏睡、或惊异。各显神通，在惊涛骇浪里稳如泰山。鳌、鱼、龙、鳖、虾、蟹、蚌之类水族都在他们脚下，为其效劳。水面上还有一双空荡荡的“法舟”，最高处还有介龛、宝塔，仿佛是海上奇观。大殿中的佛像均用生漆夹苧法制成。一枝花茎能擎二、三丈的塑像。佛像制作工序较为复杂，预先雕刻好能分能合的木质佛像模型，拼合成一整体，外缠苧麻布，涂上生漆、铁砂调和的涂料，如此重复九至十三次。雏型制成后，将模型一块一块抽出来，然后刮净磨光，贴上赤金制成的“金箔”，金光闪闪的佛像就制成了，它具有防潮、防腐、防蚁蚀等优点，適宜于雨水多、云雾浓、湿度大的江南山区。九华佛寺中，这种造像较多。

大殿两侧是花厅，两层楼，有花园，名“山中天”。墙下依地势砌成花圃，种花植草。旁有山泉一眼，用石条砌成一方池，清澈见底，晶莹如镜。院落窄长，因花厅前檐高三丈，走廊宽六尺多，长五丈多，扩大了空间，所以视野开阔，是名副其实的“山中天”。花厅五间，中间二开间为敞厅，两端和屏风后有房间，与二楼、三楼共有16间卧室，为接待贵宾下榻之处。敞厅装有玻璃隔扇，雕刻着各种神话故事，闲坐厅堂，便可欣赏神光岭，芙蓉峰上万木苍翠，白云袅袅，群鸟飞翔的景色，悦目清心，实为福地洞天。 

    旃檀林历史上最重大的重修有三次，第一次是1886年定禅法师重修大雄宝殿；第二次是1992年重建大悲殿；第三次是1998年新建大愿宝殿，该寺传承法系为临济宗。

    旃檀禅林已成为九华山规模最宏大的殿宇建筑群，主要由大愿宝殿、大悲宝殿和华严宝殿三大宝殿组成。栏杆上都用龙的形象做装饰图案，别具一格。此外，寺内斗拱、窗棂上遍刻唐僧取经和佛经神话故事，精美而生动。旃檀林是十九世纪末期兴建的规模宏大的寺庙。寺内斗拱、窗棂上遍刻唐僧取经和佛经神话故事，精美而生动。主楼山门内两层佛殿，楼上前进为弥勒殿，后殿为韦驮殿。楼上西方三圣殿，中为阿弥陀佛，左为观世音菩萨，右为大势至菩萨。殿后两侧楼房上下为僧人禅房静室。

光绪十二年(1886)定禅和尚募化重建。据传初建时，僧人伐寺后琵琶形山丘上古树，见其木质坚硬，纹络纤细，酷具异香，喻之为佛家珍品——旃檀树。谓琵琶形山丘与佛经记述的南印度牛头山（以盛产旃檀树闻名）相似，因以名寺为“旃檀林”。民国初年住持僧福星扩修，居士易国干赠额“福慧双修”。继任住持僧镇安扩建殿宇，安单接众。

    旃檀林北侧是大悲楼。大悲楼古朴典雅，雄伟壮丽，主殿高六丈三尺，殿内长、内宽、内高均为19米，以与菩萨二月十九日诞辰、六月十九日出家、九月十九日成道的三吉日悉心相应。殿堂正中为千手千眼观世音菩萨，高二丈八尺九寸，四周供奉84尊全堂佛像。大理莲花宝座，慈眉善目，四周回廊大理石柱栏杆护持，上方雕龙刻凤，金碧辉煌。另附属斋堂、客房等设施。

    1993年8月6日，大悲楼上正梁剪彩，正梁刚一落位，便下起了滂沱大雨，此正巧应对了俗话所说的雨淋“万年梁”，为大吉兆。

明净（1928-1992）俗名徐方柱（1928-1992），人呼“站和尚”。安徽郎溪县东下乡双桥村人。3岁丧母，家境清贫，年少常以打短工贴补家用。受祖辈信佛影响，从小不茹荤腥，心地善良。逢旱年将自家天地里的水放给别人田地灌苗，乡人称赞其“菩萨心肠”。他自悟禅道，长期坚持修习，多以坐禅为主。据说他出家前连日坐禅入定，乡人不解，将其捆绑，也不能阻止。1984年到九华山，在天台寺拜师出家，把多年的积蓄全部供养寺庙。后常住旃檀林，昼夜不倒单，称其“站和尚”，定力非凡。曾站禅三年，坐禅三年，卧禅三年，苦修头陀行，戒定慧三品佛教尚无人出其右。不论寒冬酷夏，长年赤足，身着破衲，站、坐或卧，均丝毫不动。闭关时十余天吃一顿饭。他修慧若愚，偶发颠倒妙语，又被人视为“疯和尚”。1992年9月6日，在旃檀林安然示寂。弟子遵和尚生前保护其身的嘱咐，将其趺跏坐缸。1998年12月1日开缸，其肉身完好，颜面如生，体有弹性。于是弟子心兰为其涂漆、装金，在其坐缸处即肉身宝殿西北侧建“明净禅师”安奉。现在移放在旃檀禅林。