“敦煌”一词，最早见于《史记·大宛列传》中张骞给汉武帝的报告，说“始月氏居敦煌、祁连间”，公元前111年，汉朝正式设敦煌郡。古代人一般用汉语字面意义来解释“敦煌”地名，如东汉应邵注《汉书》中说“敦，大也。煌，盛也。”唐朝李吉甫编的《元和郡县图志》进一步发挥道：“敦，大也。以其广开西域，故以盛名。”

但现代大多数学者认为“敦煌”的词源不是汉语。一般认为，《山海经》中记载的“敦薨”即是敦煌最早的称呼，而“敦薨”或敦煌是当地少数民族语言的汉语音译，至于是哪个民族，则是众说纷纭。日本学者藤田丰八考证说，敦煌可能是都货罗（Tokhara）译音，而都货罗也就是当时居住在敦煌、祁连间的月氏人；中国学者岑仲勉认为敦煌的词源是“桃花石”（Taugas）；王宗维认为“敦薨”或敦煌为“吐火罗”的音译，并推断敦煌为吐火罗人居住的故地；李得贤则认为敦煌为古羌人语言“朵航”（义为诵经地或诵经处）的对音。

总之，“敦煌”地名的词源为汉朝以前的当地少数民族语言之汉译，这点应是没有疑问的。