综合现有研究资料可将赛里木湖区构造演化归纳为三个阶段：

1、前震旦纪众多古老地块的拼合过程。至震旦纪主体开始形成统一的克拉通地块，普遍接受了以震旦纪冰碛岩和寒武纪初含磷岩系为代表的统一盖层沉积。

    2、早、中古生代新疆板块的裂解和再拼合演化过程。从寒武纪中期开始裂解，到最后于晚石炭世末期，全部完成了复杂多样的大陆板块的扩张分离、俯冲碰撞的拼合历史，最终形成了新疆现今的基本大地构造格架，结束了早、中古生代多板块和陆地的分离拼合构造演化阶段，而进入同一的板内，即陆内的大地构造演化阶段。

3、晚古生代至今的新疆陆内构造演化阶段。石炭纪之末，二叠纪之初，现今欧亚板块的雏形已经形成，新疆已成为这一全球性巨型板块的组成部分，但在它的南侧，还面临着先后古特提斯洋的封闭，新特提斯的打开与最终关闭和青藏高原的形成两期最终促成了构造陷落湖——赛里木湖。 

【湖水收入】赛里木湖水源主要来源于大气降水和湖周山地坡面径流，湖区周围年降水超过500毫米。

    【湖水支出】赛里木湖湖水支出主要为湖面蒸发及少量渗漏。

【浮游动物】依照2008年中国地理杂志报道赛里木湖浮游生物共计19种，其中原生动物6种，占36.1%；轮虫8种属，占41.2%；枝角类3种属，占15.8%；桡足类2种属，占10.5%。其中原生生物主要包括侠盗虫、钟形虫、裸口虫、轮虫种类中的巨腕轮虫、狭角轮虫；枝角类常见种类为西藏拟蚤；桡足类常见种类为镖水蚤。湖水中浮游动物的生存为养殖鱼类提供了必要的条件。 

    【鱼类】赛里木湖原本没有鱼，1998年新疆从俄罗斯引进高白鲑、凹目白鲑等冷水鱼养殖，2000年首次捕捞成品鱼，结束了赛里木湖不产鱼的历史，经过十年的发展，赛里木湖已成为新疆重要的冷水鱼生产基地。