在保护和建设历史文化名城的进程中，1996年平遥县人民政府着手修复县衙署。本县的衙署旧制，有卷可稽。先是依照传统规制，复原衙门3间，歇山顶，前檐斗拱三踩；重建申明亭；重建大堂，面阔5间，进深六椽，单檐悬山顶、前檐斗拱五踩，补间一攒，栅栏门，直棂窗，灰瓦顶，前有月台。为了减少古城区人口，实施古城保护规划，1997年，县委、县政府腾出县衙旧址，率先迁往新城区，保证了衙署内新建物的拆除和古建筑复建工程全面展开。到1999年底，重修了吏、户、礼、兵、刑，工六房和仪门，二堂、县丞主薄房、内宅等中轴线上所有房舍，建成了平遥县衙博物馆。世纪之交，逐步重修了东轴线的花园、粮厅、侯庙、彰瘅亭、钟楼和西轴线的督捕厅。衙门外的照壁、观风楼也重新竖起。其余遗留的工程项目在2002年底全部结束，平遥县衙作为封建王朝最基层的统治机构外貌完整再现。

在这期间，在大规模的修复工地上，出土了一定数量的古代遗物，其中不乏早期大型建筑的构件和宋金元时代的陶瓷器皿残件，为研究平遥地区的人类史和建筑史提出了新的课题。此前，尚在20世纪70年代，县广播站干部裴克良、赵邦庆等，在县衙原“马王庙”地面深处，发现过大量的绳纹和素面的泥质陶片，此属何种遗址，与平遥县衙的历史沿革有无关系？也为后人留下了一个谜。