1893年，新加坡植物园园长亨利·尼古拉斯·里德利在描述这个品种时写道："几年前，居住在新加坡的著名女园艺家艾妮丝·卓锦（英语：Agnes Joaquim）（Agnes Joaquim）成功将新加坡无处不在的虎克万代兰（英语：Papilionanthe hookeriana）（Vanda hookeriana）和棒叶万代兰（英语：Papilionanthe teres）（Vanda teres）杂交。"里德利、数名当代其他种植兰花者以及各胡姬花刊物，都认可这个新品种为杂交种。棒叶万代兰产于缅甸，而虎克万代兰产于马来半岛。

然而还不知道卓锦万代兰是艾妮丝·卓锦在1893年发现的还是她培育出来的。一直以来，棒叶万代兰和虎克万代兰两个品种之间，哪个为母本，哪个为父本是个谜。直至2011年，科学家透过DNA条形码技术及推论，判断棒叶万代兰为母本，而虎克万代兰为父本

1899年，艾妮丝·卓锦因新品种得奖，三个月后因癌逝世。

1981年4月15日，卓锦万代兰被选为新加坡国花。

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