1898年，菲律宾沦为美国殖民地，政治经济形势有了很大的变化，同时，在中国国内，革命运动不断高涨。旅菲华侨一方面受到侨居国政治环境的熏陶，另一方面又受到祖国政治气氛的影响，政治觉悟逐渐提高，激发起了组织团体的要求。再者，随着经济上菲化运动的推进，华侨在经济活动上受到的竞争和限制也日益增多。华侨商人要在新的商战中生存下去，必须克服过去漫无组织的状态，团结互助，必要时还得进行有组织的抗争，以维护华侨社会的权益。
    1904年，金融界著名华侨商人邱允衡出面提倡组织纯商业团体，立即得到进出口巨商杨嘉种以及陈清源、叶其蓁、林文质、施光铭、林杰生、杨尊亲、林安邦、许孝鸣、杨汇溪、薛清垵、黄呈标、庄天来、郑焕彩、邱奕经、郑汉淇、吴克诚、林为亨、洪明炭、孙高升等20名华侨界著名人士（大多数是晋江人）的响应。就在这一年8月，“以发展华侨商业为唯一谋求，以华侨福利为当然的努力”为宗旨的“中华商会”宣告成立。
    “中华商会”初成立时定名为“小吕宋中华商务局”，1927年5月8日改名为“菲律宾中华总商会”，1931年5月24日又更名为“菲律宾马尼拉中华商会”。
    中华商会的会员有3类：同业公会会员、商店会员和个人会员（包括外籍华人）。
    从名称和会员构成看来，中华商会似乎是一个局限于马尼拉市的“纯粹商业团体”。其实，它是菲律宾华侨商业和整个华侨社会组织的中心。它一成立，就起着推动全菲各地华侨商会团体开展组织活动的作用，并享有全菲华侨社会领导机构的地位。