【Jenny点评】 我一直以为Bowtie是一个短序列拼接工作，实际上这是错误的。它不是序列拼接工作，只是一个序列比对的工具。最后的结果是相对index而言，对各个短序列进行定位。

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短序列比对的原理如何？目前有哪些常用的短序列比对软件？ ok

 答：序列比对（alignment）：为确定两个或多个序列之间的相似性以至于同源性，而将它们按照一定的规律排列。跟长序列比对不同，短序列比对有其特点，因此，两者的算法不一样。短序列比对中，一般常用的算法主要有三个：

       （1） 空位种子片段索引法，如MAQ、ELAND等，首先将读段切分，并选取其中一段或几段作为种子建立搜索索引，再通过查找索引、延展匹配来实现读段定位，通过轮换种子考虑允许出现错配（mismatch）的各种可能的位置组合；

       （2） Burrows Wheeler转换法，如Bowtie、BWA、SOAP2等，通过B-W转换将基因组序列按一定规则压缩并建立索引，再通过查找和回溯来定位读段，在查找时可通过碱基替代来实现允许的错配；

       （3） Smith-Waterman动态规划算法，如BFAST，SHRiMP等，利用初始条件和迭代关系式计算两个序列的所有可能的比对分值，并将结果存放于一个矩阵中，利用动态规划的方法回溯寻找最优的比对结果。

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