论文的主要作者，是指论文的通讯作者和第一作者，两者哪个更主要因学科而异，比较难说。最主要的作者当然是通讯兼第一作者。

多数情况，通讯作者都是课题负责人或导师，因此需要决定的往往是论文作者的排序。对于实验性学科，惯例似乎是动手干的人是第一作者。但那种学科同行更认为通讯作者而不是第一作者是主要作者。有时导师亲自动手做部分实验，也完全可以是第一作者。数学等理论性的学科，一般不太重视通讯作者，第一作者就很重要了。

单纯从对论文的贡献看，我认为，作者的贡献包括4个方面，创意、实施、解决技术难点和论文写作。在导师和研究生的关系中，一般都是导师出创意，研究生实施。因此，学生独立解决技术难点并且起草论文时，应该是第一作者；事实上，如果学生解决了关键难点，导师应该让学生自己起草文章。如果学生不愿起草文章，或者在指定但合理的时间内没有写出文章，导师自己动手写，导师也可以是第一作者，也可以让出第一作者。简言之，4个方面，出现2对2的情形，决定权在导师。

还有种比较特殊的情况。学生完成实施，也独立解决技术难点，但论文文稿质量很差，导师需要费很大的功夫改。这种情况，我觉得导师有权自由心证，确认改文稿的工作量接近甚至超过自己起草，则不妨做第一作者。但这种规矩要事先在组里公布。还有种变通办法是先请组里写作水平较高的成员修改论文。在修改工作量很大并且修改者愿意的前提下，如果该成员是学生，可以列为第3作者；如果是教师，甚至可以列为第2作者。当然，严格而论，对论文没有学术性贡献的人署名不符合论文发表的规范。更合理的办法是给修改者现金报酬。

更通行的实际做法，在考虑贡献的同时，按不同需要调整署名次序。这在国外师生合作中也常见。典型的例子，会议论文通常报告人是第一作者，而不论完成工作中的具体贡献。中国的情形，论文有不同的用途，导师往往知道得比学生清楚。因此，导师有时为申报院士、特聘等可能要1、2篇最好的论文的第一作者，有时为让学生冲“百篇”等也可能让出些第一作者，甚至要其他学生让出些工作。这种做法，理无所据，情有可原。

从学生的角度看，重要的是跟位待人公平的导师。这种导师偶尔也会有不公平处，但以后会有补偿。至于与导师争第一作者，往往不是很明智的做法。对公平的导师，没有必要；对不公平的导师，没有可能。就算争赢了这个回合，长远地看一定是吃亏的。