日本首相官邸在事件发生当日的1月30日就接到了防卫省报告，询问“向中国提出抗议，真的没问题吗”。日本护卫舰配备了分析装置。据悉中国军舰的火控雷达瞄准时间历时数分钟，根据频率也几乎可以肯定是中国军舰进行的瞄准，但日方还是收集了最完整的数据，采取不给中方任何反驳余地的方针。
 
       

 实际上在日本民主党执政时期，日方也曾在尖阁群岛（中国名：钓鱼岛）国有化之后受到过中国军舰的雷达瞄准。但日本政府相关人士透露，当时的民主党首相官邸“不想让中日关系恶化而没有公布”。日本新首相安倍晋三在2月5日接到防卫省的最终报告后，指示“有必要让国际社会了解。恶性案件应当立即公布”。
 
      

 与此同时，日方也注意“设法冷静处理”。决定由防卫相而不是首相和官房长官来发布这一消息。日本首相官邸的人士称：“这是顾忌中日关系，不想让事态进一步激化”。
 
      

日本政府的应对一直混乱。直到2月5日下午，日本外务省才首次知道雷达瞄准这一情况。随后决定由首相和小野寺五典防卫相在当日傍晚公布，并指示外务省向中方提出抗议。从事件发生到决定公布，日本政府花费了6天时间，但这期间负责对华外交的外务省却一直置身局外。
 
       

 接到防卫相的报告后，日本外务省匆忙联系中国驻日本大使馆，但联系不上中国驻日公使或大使代理，结果只好由科长级职务的人物向中国参事官进行了抗议。日本外务省的一名官员抱怨说：“防卫省要是早一些告诉就好了”。由于提交抗议进行得不顺利，原定于下午5点45分举行的防卫相记者会也推迟到了晚上7点。
 
       

 “即便如此，也不需要花费那么长的时间啊”，相关人士对发布信息之晚，还是感到无法理解。日本防卫省相关人士透露这是因为“自卫队的审批鬼门关”。部队向部队报告需要队长审批，往东京发送数据需要审批，在东京分析过之后进行报告还需要审批。再加上中间遇到周末，使得作业愈加拖延。