在炼金术过程中，死亡代表着净化过程（Putrefac­tion），这种过程与现代化学中没有相似之处。因为对炼金术士来说，他们认为自己从事的化学过程是有生命的，所以他们所谓的净化便是将其杀死，而对我们现代人来说，这些都是无稽之谈，所以也无从谈起杀与不杀。

在净化过程里，炼金术士会将材料再度溶解，有一个方法便是将其磨碎或压碎，然后再将其弄湿，最后放入湿炉。这样，原本的精髓就会从原先的构成重分离。从字面上看，就是物质的腐烂和发臭。

炼金术的过程，就是使炼金物质死亡，然后再获得重生。这种死亡的图像可以在许多炼金术文字作品中发现。这些图像大多受影响于1622年的《哲学改革》（Philoso­phia Reformata），这里，死亡被形象化成一个骷髅，站在一个已被烧的发黑的炼金术容器上，骷髅手中的黑乌鸦同样也象征着黑化过程。在凯尔特神话中，掌管死亡的女人摩格纳也有一只类似的黑乌鸦伴随。在炼金术塔罗牌里的死神它手持一支箭，箭是中世纪象征死亡的符号，这里取代了传统塔罗牌死神里的镰刀。