集团化运作的劣势主要体现在以下四个方面：
1、对综合管理人员的素质要求较高
集团化运作优势明显，但同样也有其劣势。专业化运作的好处在于管理上比较简便，间接人员和直接人员对业务的理解几乎是统一的。所谓间接人员就是行政、管理人员；直接人员就是直接进行采购、营销、研发、品牌、服务的人员。我们认为但凡搞财务、管理的人员是不直接产生现金的，所以把他们叫间接人员。但是单体公司再怎么复杂，他的直接人员和间接人员的使命、目的是一致的。而在集团公司里面，母公司就是典型的间接人员，母公司和子公司使命是不一致的，母公司是防止子公司跑得过快，以防范更多的风险、控制泡沫为主，协助子公司创作更大的价值为辅，所以母公司是以踩刹车为主，以踩油门为辅；而子公司的间接人员，即子公司的管理层是以向上博弈，获取更大的自由空间为主，以及向下支持，获取足够大的价值为辅，这跟单体公司单纯的线性追求、一维化操作相比就显得完全不同。
所以大家可以看到，母公司的人员，在很大程度上，并不像单体公司里面人的心理结构那么简单、那么单纯，他们在运作和认知上是非常复杂的一群。抛弃这么一个现状来理解集团公司的话，就会发现对集团公司毫无所知。集团公司为什么会如此之怪，是因为总部人的心思和追求是多向度、多维度、多层次的，所以很多单体公司里管理者在做了单体公司或子公司的间接人员以后，被突然调到集团总部，会发现理解不了集团总部的运作。简单的说，集团总部人的心灵复杂程度，已经远远超越了成年人的概念，体现在他们对公司政治的理解，对运营深度的理解。很多时候子公司明明可以壮大，但是集团要限制它壮大，因为它在壮大了以后，话语权会变得过强，会使总公司边缘化，同时带动其他的子公司变得更调皮。大家会奇怪的问，集团不是为利润最大化追求的吗？不是。集团从来不是为利润最大化追求的，集团是在控制力最大化的前提之下追求利润最大化来的，如果不能保障控制力最大化的话，我宁可放弃利润最大化，这是完全不同的思维方式，如果理解不了这个，就没法理解集团公司的运营。
所以对集团管理者综合素质要求之高，心灵的柔软程度之高可见一斑，同时对阴对阳，对黑对白的多维度追求，使得集团管理者的综合素质远远超过单一维度思考，就像在矩阵式管理之下，两个不同的上级，交给同一个下属命令，下属要把这两个不同的命令之间的冲突统一在一起。在矩阵式管理里面，我们认为下属的心灵是高度柔性的，这还只是两维矩阵，三维矩阵、四维矩阵、五维矩阵之下，下属的心灵要更加复杂和柔韧，但是很少有人理解，在集团公司里，母公司的综合人员的心灵要比在矩阵式管理之下下属心灵的柔韧更多向度，程度要大得多得多。
2、要求有较强的协调，统筹能力
纵观国企这两年为什么取得非常好的成绩，不仅仅在于其资源和政策的优势，而在于其协调、统筹能力的运作。国企一方面要挣钱，一方面还要完成政府交办的任务；一方面要维稳，一方面还要培养梯队干部。在这种举步维艰、处处掣肘的过程当中运作，事实上锻炼出来了国企强大的协调能力。风向一转，资源一配置到央企这个层面，央企呼啦啦一拥而起。有很多民企羡慕甚至嫉妒的抱怨，国企、央企的成功不是资源上的领先，就是政策上的垄断。诚然央企、国企有其特殊的属性，但客观上我们也要看到，绝大部分民企，放到这个位置上，绝对做不到央企这么高的高度。其核心原因，民企在运营过程当中，还是在单向度地锻炼创造价值、创造利润能力，而不是多维度的协调能力。
3、对企业的风险管理能力有较高的要求
集团化运作对企业的风险管理能力有较高的要求。众所周知，企业跨地域、跨行业运作，本身就是个非常复杂的难题。在跨地域、跨行业的发展过程当中，肯定有赚有亏，公司要在各个子公司之间调度价值、调和价值。而在这个过程当中，除了调度和调和价值以外，还有一个较大的问题，公司必须有意保持较高的发展速度，通过较高的发展速度，汲取政府的支持，汲取银行对我的支持，吸引较优秀的人力资源，用泡沫的虚高，带动社会优秀资源汇集。通过这个优秀资源的配置，先做虚、再做实，把内在做实了以后，再来形成发展的平抑，公司刚开始发展的是有泡沫的，当慢慢把这个发展当中的泡沫平抑后，又制造新的泡沫，新的泡沫又成为他新的发展动力，集团在不断制造泡沫。有人说得好，一定的泡沫就像啤酒上的泡沫一样，可以使风味更佳，不能完全没有泡沫，也不能泡沫过多。所以集团公司普遍理解要有一定的泡沫。这就对集团的分控能力提出高要求，泡沫的形成人人都会，但如何保持泡沫的丰盈而不破裂对风险管理能力要求极高，集团在高速发展、泡沫化经营的过程中，把握风险，管理风险是集团健康发展的前提。
4、对信息化管理，协作能力有较高的要求
集团相对于单体公司，人为的设置了层级和管理机制，这从客观上增加了信息和指令的传递与反馈障碍，也是集团进行集团化操作的必要代价。因此，集团在运作过程中，对信息能力的管理、实现信息化操作成为集团的发展考验。如何减少层级阻碍，实现信息化全程管理，保障集团全面流程顺畅、信息通道完整是集团化运作的高要求。
另一方面，集团是多个子公司同时运作，各安其位、各司其职，集团从整体层面对其进行协调、配置，以使集团对外呈现出变形金刚的效应。这对集团的协作能力提出了更高的要求，不再像单体公司一般进行简单的计划、组织、控制、监督，而是要跨部门、跨层级、跨产业、跨地域实现协同。集团化运作所需要的协作能力是集团进行稳定健康发展的重要保障。