看了讨论有2点感慨或说明：

1）这篇文章最核心的部分在最后一段话，我把它加亮，请大家再读读！

2）理论指导实践！我想大家有必要读或重读我在文章中提到的那篇文章（本周推荐4），文章中最具有现实意义的是，分析了目前41个水稻QTL图位克隆的案例，看看里面成功的得失，就可以体会对么目前工作的指导意义在哪里！

这基本上一个难以回答的问题，因为每个特定QTL的情况都不一样，上一篇小高的分析，只是理论情况，前提是染色体的每一个地方的重组频率都是一样的，但事实上，几乎染色体上每个地方的重组频率都是不一样的。在讨论这个问题之前，先明确一个概念：

1. 重组率和遗传距离的关系

重组率不等于遗传图距，简单的原因是重组率没有考虑到两个标记之间的双交换。

所以通常用2个函数来调整重组率与遗传图距的关系，就是我们Mapmaker经常用到的两个命令：

1）Haldane作图函数：x=-（1/2）ln（1-2r）（x 是图距，r是重组率）

这个函数的前提假设是理论预测的双交换单株与实际的一样，但事实上理论的双交换单株总比实际观察到的多。所以这个函数会夸大实际的连锁值。

于是常用的另一个是：

2）Kosambi作图函数：x=-（1/4）ln(1+2r)/(1-2r)

这个函数有一个假设，就是理论双交换值与实际观察值的比值（C）与重组率（r）成一定的函数关系(C=2r)，重组率越大，干扰越小，反过来说，如果我们精细定位，会有影响。

2. 群体类型，群体大小与QTL精度

一般而言群体越大，精度越高！对于QTL初步定位来说，150-250的结果应该可以接受。具体可以看我去年遗传学报的一篇文章的具体统计分析。不同的群体的精度也不一样，简单的说F2群体具有最广泛的遗传信息，是最理想的精细定位群体，但其缺点也显而易见。统计分析的结果是 F2>RIL>BC1, DH

对于QTL克隆需要多大群体，有过许多理论研究可以借鉴：

（BTW，我们几乎每天都会遇到这样或者那样的问题，对于具体科学问题，没有一个人会知晓全部，即使他是具体某方面的专家，但总有人知道。在互连网信息如此发达的情况，解决问题的最好途径是问它，有几个途径 1）google, baidu 你的问题看是否有人探讨过（可能经常有错或有不同的回答，所以要有判断力）； 2）专业数据库（pubmed）找专业文献自己验证；3）专业论坛，去提问！4）写信问具体的专家。我就是这四步曲来解决目前遇到的一切科学问题。）

具体到这个问题，因为其背景的复杂性，所以肯定有人专门分析过：

比如有人提过一个简单的公式，来计算：

DURRETT, R. T., K. Y. CHEN and S. D. TANKSLEY, 2002 A simple formula useful for positional cloning. Genetics 160: 353-355.

就不列公式了，大家自己去看，最近又有人改良了这个公式，我认为比较合理好用，这片文章我已经推荐过，看来仔细看的人不多。（见本周推荐4）这个公式为什么比较合理，大家应该仔细读文章。

我就来分析一下这个公式：

N=Log (1-P)/Log {1-[Tmarker x 3/l_T]/100R},

N= 预测的群体大小

P= 期望概率（就是希望成功概率）

Tmarker= 期望定位基因（两个标记之间）的精度（比如多少cM, Kb 或者含多少基因的区间）

l_T= 在限定的2个标记之间，期望找到的重组单株数目

R=重组频率，比如(KB/cM, genes/cM)

有了这个公式，我们可以算算，如果预期把基因定位到100Kb(也就是一个BAC的水平，或平均0.1cM的水平)需要多大的群体。

假设： P=0.95; l_T=6(小了，危险)；已知玉米的R=2.5×10⁶Kb/2500cM

N=log(1-0.95)/log{1-[100*3/6]/100*2.5*10⁶Kb/2500cM}=5990

如果l_T在3-10之间变化的话，群体大小大约在3000-10000之间变化。

以上的分析只是一般化的分析，对于具体研究，还可以具体分析，比如对我们实验室的这个研究，因为，我们已经把目标基因限定到一个比较小的范围，其物理距离已经知道或者可以大约推测，那么就可以准确的估计R值，那么也可以准确估计我们需要的群体大小！