清代南京书院甚多，只说三个比较有名的：一个是钟山书院，原址在今太平南路上，白下会堂附近；另一个是惜阴书院，原址在龙蟠里，曾为江南国学图书馆、南京图书馆古籍部，今为江苏省文化厅之所在；还有一个是尊经书院，原址在夫子庙尊经阁。若论地理位置，三个书院各有优长。钟山书院位于人居稠密之区，历史悠久，名师最多，得天独厚。惜阴书院地处清凉山麓，乌龙潭畔，山水清幽，这种环境最适合读书。尊经书院则是在夫子庙之后，邻圣贤之祠庙，居学宫之内，咫尺贡院之地，庄严的棂星门，壮丽的魁光阁，都可以激励士子触景生情，立志读书。嘉庆十年（1805）任江苏布政使的康基田，曾为尊经书院题写一副对联：

立德、立言、立功，士先立志；

有猷、有为、有守，学必有师。

对联勉励士子要“立德、立言、立功”，也就是致力于传统所谓“三不朽”。“三不朽”的关键是“立志”，而立志读书，无疑是致力于“三不朽”的第一步。正确立志，有为有守，首先离不开良师的指引，故“学必有师”。此联虽乏文采，其意甚佳，可惜，在洪杨之乱中，夫子庙尊经阁以及书院的这副对联都毁于战火。今天，尊经阁则早已辟为游乐场，更难寻见书院的影子了。

“学必有师”。名师的辅导对书院培育人才十分重要。钟山书院之所以赫赫有名，原因之一，就是有卢文弨、钱大昕、姚鼐等著名学者先后担任山长。身教之重要，甚至有过于言教。卢文弨的《钟山札记》和钱大昕的《廿二史考异》，都是在钟山书院期间撰成的。相比之下，尊经书院似乎略逊一筹。但是，历史上，尊经书院也有名师，即使在晚清时代，聘请名师担任山长，作育人才，其成就仍然令人瞩目。

尊经书院的晚清山长中，值得一提的是黄云鹄。黄云鹄（1819-1898），湖北蕲春人，字详人，一字翔云，室名实其文斋。咸丰三年（1853）进士，是晚清著名学者、理学名家。黄云鹄受聘为尊经书院山长的时候，已经年逾古稀。如果按照黄焯《黄季刚先生年谱》中的说法，此事是在1892年，那时的黄云鹄已经74岁。而如果按照《黄侃日记》中记录王伯沆的说法，此事当在1894年，黄云鹄那时已经76岁了。

黄焯是黄侃的侄子，上距晚清较远。而黄侃是黄云鹄之子，王伯沆则是黄云鹄在尊经书院的学生，又是当事人。两造对比，恐怕还是黄侃所记王伯沆之言比较可信。1928年3月，黄侃离开东北大学，南下金陵，出任中央大学国文系教授，与王伯沆成为同事。7月4日，既是同事、又是”世长兄“的王伯沆来到黄家，闲谈之中，王伯沆深情回忆了黄云鹄对自己的教诲。“云甲乙午未间，应尊经书院试，屡得超等，因执贽进见。“所谓甲乙午未间，指的就是甲午、乙未（1894-1895）年间。王伯沆记忆中的黄云鹄，是一位慈祥的老者：“曳朱履，扶杖行篱落间，与之语云：‘子文虽见取，却非定佳，然天才可成，宜用力读书以自立。’语时状貌温蔼，辞意款诚。“这一幕给王伯沆留下了深刻的印象，他深有感慨地说：”平生所问业之师不少，不能忘者，独先生耳。“又说：”经师易得，人师难求，读书不根诸身心，则学问直是身外事。“讲完这一席话，伯沆进而向黄侃借阅黄云鹄的《实其文斋遗书》，黄侃一时找不到，就”先以《念昔斋寤图纂》二册借阅“。

显然，在王伯沆眼里，黄云鹄不仅是经师，也是人师。数十年后，老门生细数往昔，犹然感念不已。理学名家的黄云鹄曾教导王伯沆要把学问与立身行事融为一体，王伯沆后来成为一代名师耆儒，与黄云鹄的影响是分不开的。受教于黄云鹄，是王伯沆生平的重要节点，各种有关王伯沆的传记文献多有提及，但却误称其在钟山书院受教于黄云鹄。此说或始于钱堃新所撰《冬饮先生行述》，后来遂以讹传讹，流传甚广。这不仅误会了黄、王二先生的人生经历交集，也抹煞了尊经书院的这一段光荣历史，亟当订正。

不过，钱堃新张冠李戴，把两个书院弄错，也不是没有缘故的。原来，除了尊经书院，王伯沆也曾就读于钟山书院，不过是在尊经书院之后。那是在光绪丙申年（1896）。在那里，他与程先甲、杨炎昌等人同学，考试经常名列前茅。他在钟山书院也遇到了名师，不过不是黄云鹄，而是缪荃孙。在《艺风老人日记》中，还能看到王瀣的名字。