关于在世贸遗址附近修建清真寺的计划，曾经在美国引起极大争议。
由于恐怖主义者来自穆斯林世界，美国国内民众一度对穆斯林世界产生误解。

但理智最终战胜了感情，尽管可能依然有部分死难者家属尚未化开死结，但更多的民众认为：参与“9·11”袭击的极端分子不能代表穆斯林。在纽约市当局投票通过“拆除世贸遗址附近一幢楼房，修建一座13层的伊斯兰文化中心和一座清真寺”提案，奥巴马也表态：穆斯林有权在的私人地块上修建伊斯兰文化中心与清真寺，美国对宗教信仰自由的保护不会改变之后，这项计划也暂时终止了。 

    不过，依然有极端分子要在“9.11”纪念日当天焚烧伊斯兰教的《古兰经》来发泄仇恨。消息一出，立即招致美国社会舆论的广泛指责，挑衅性的扬言最终被反对声音所压倒。