落成之初，由太古洋行代理的黑烟囱轮船公司经营远东、中南亚以及来往于广州至香港、上海、海防（越南）等航线，船只达30艘，其中26艘三千吨左右的货船游轮只在广州太古仓码头靠泊装卸货物。

1928年-1933年，在陈济棠主粤期间，太古仓码头区又进行过改造和扩建。当时采用高桩梁板式结构分别建成内一码头(即今太古仓7座仓库)一号、二号、三号桥泊位(即今太古仓三座“丁”字形码头)和内二码头(即今大阪仓)。

日本侵华时期，太古仓码头曾是侵华日军军事物资和人员重要的转运基地；1947年12月，广东省国民政府设立广东省民食计划委员会和广东省粮食经理委员会，将广州怡和（渣甸仓）、太古、大阪3个仓库用于储存粮食，后由于来市的粮食增多，粮仓不敷囤积，还借用市内米机的仓库代储粮食。

1950年8月，为保管市政救济粮和配合夏粮收购，政府租赁太古仓、大生仓和荣兴堂仓库以及黄埔大道的2个民房仓库储存粮食。

1953年2月24日，广州市军事管制委员会奉命征用太古仓，太古仓码头收归国有，相继由广州港务局及广州港集团经营管理至今。

在1955-1960年间，太古仓是当时广州内港区各码头作业点中，生产最繁忙、船舶到港密度最高、吞吐量最大的码头；由于仓库容量大，在货物运转之余，太古仓还经常用于仓储重要物资。

1968年，在知识青年上山下乡的历史浪潮中，太古仓码头成为运送广州知识青年赴湛江、海南参加南疆建设的重要码头。

“文革”期间，太古仓曾经遭受重创。1967年9月1-3日，太古仓发生了“武斗”，致使部分仓库着火，死7人，伤10余人，其中三层高的8号仓库被烧毁，财产损失巨大，3日，中央调查组还曾亲自到太古仓现场进行调查。在“十年浩劫”中，太古仓曾经遭到炮击，其中一座以储存包装白糖为主的仓库被打穿了一个大洞。

后来虽然经过了修复，但修复的位置所堆存的包装白糖往往容易受潮，而其他位置和其他仓库却并没有这种现象。可见，太古仓在建造之初，其整体设计、建筑材料、施工工艺和防潮措施等等，至今看来仍然相当科学、严谨。 

2005年被定为广州市文物保护单位。