正常菌群是生活在健康动物各部位、数量大、种类较稳定、一般能发挥有益作用的微生物种群。某些微生物与宿主在长期的进化过程中形成共生关系，对生物体无害的一类细菌。如小儿肠道内对人有益的细菌或真菌（临床用药时统称为益生菌）主要有：乳酸菌、双歧杆菌、放线菌、酵母菌等。
     1.正常菌群的生理作用
      拮抗作用：正常菌群在生物体的特定部位生长后，对其他的菌群有生物拮抗的作用。产生这种生物屏障的往往是一些厌氧菌。正常菌群通过紧密与黏膜上皮细胞结出来佔领位置，由于在这些部位数量很大，在营养竞争中处于优势，并通过自身代谢来改变环境的pH值或释放抗生素，来抑制外来菌的生长。营养作用：正常菌群的存在影响着生物体的物质代谢与转化。如蛋白质、碳水化合物、脂肪及维生素的合成，胆汁的代谢、胆固醇的代谢及激素转化都有正常菌群的参与。免疫作用：正常菌群的抗源刺激可以使宿主产生免疫，从而减少了本身的危害。已有实验表明，某些诱发的自身免疫过程具有抑癌作用。
     2.宿生部位
      肠道：肠道的微生物生态系统很複杂，菌群生物量很庞大。在不同部位，由于pH值、营养状况的不同，群群的种类分佈有很大的不同。多数的肠道菌群属共生类型，主要是厌氧菌，如双歧杆菌、尤杆菌、消化球菌等，数量恒定存在，具有合成维生素、蛋白质、生物拮抗等生理作用，起到保持宿主健康的作用。有一部分很少的致病菌在生理平衡状态是不会危害宿主的，但如果数量超出正常水平就会致病。还有一类是介于这两种类型之间的，如大肠杆菌、链球菌等，它们能产生毒素，具有生理作用和致病作用两方面。
      阴道：阴道的生态系统常驻菌有乳杆菌、表皮葡萄球菌、大肠杆菌等。乳杆菌黏附在阴道黏膜上皮细胞上，可产生酸性生存环境，对大肠杆菌、类杆菌、金黄色葡萄球菌有拮抗作用，对于保护自身健康和胎儿在妊娠期的卫生有着重要的意义，是重要的生物屏障。

      皮肤：皮肤表面的微生物群落是人体的第一道屏障，主要有葡萄球菌、类白喉棒状杆菌、绿脓杆菌、丙酸杆菌。它们参与著皮肤细胞代谢，起到了免疫和自净的作用。
      此外在外耳道、眼结膜、鼻咽腔、尿道等部位都会有正常菌群的分佈。
     3.菌群紊乱
      生物体内多数组织器官都是无菌的，正常菌群中的细菌偶尔少量侵入这些部位是能被机体的自身免疫所应付的。但如果正常菌群与宿主间或正常菌群各菌种间的平衡被打破，就会出现菌群失调，致病作用就会显著，严重者引起二重感染。这种状况往往是由于长期大量使用抗生素、免疫抑制剂等外来因素引起的。