1、成本管理的基础差，成本核算的难度大。基础差表现在核算工具、核算人员素质和核算历史上。核算难度大主要在于管理成本分摊。

2、医疗定价制度造成医疗成本的不可比性。并不是所有的医疗成本都能够收费，相同的项目成本也不尽相同。

3、医疗市场垄断与竞争互存造成医疗成本不易控制。在垄断的市场下，可以通过诱导需求降低成本。在竞争的格局下，增加新技术却没能增加项目收费会增大成本。

4、医疗服务的复杂性造成成本核算方法的多样性。同一病种由于治疗方法不同成本构成的差异比较大，不同的成本构成导致成本核算方法的多样性。

5、医疗服务的不确定导致成本核算的多变性。疾病谱不断的变化，治疗方法不断的更新，医疗服务成本核算方法相应地需要不断地变化。

6、管理层次不同对医疗成本核算的目的不同。卫生管理部门关心的是在医疗投入不足的情况下如何实现卫生资源有效地利用和合理地分配。医院管理层关心的是如何降低成本，增加收益。科室人员更多的是如何增加个人利益。

7、管理体制不顺造成管理效率低下。实物与财务管理、财务与经济管理脱节，管理或有漏洞、或重复管理。

参考李信春等《医院成本核算》