竟宁元年，也就是元帝登基改元的第一年，一位杜陵令居然被五府联名推举为西域都护。五府即三公、太傅和大将军等，一个小小的县令如何引起五府的关注，他有何德何能？这个人便是段会宗。

五府举荐让段会宗名满京城，而他在西域都护三年任上的所作所为，则让长安不得不信服这是位有真材实料的干将。西域都护任上，刚巧乌孙国出现内乱，逐渐分裂成两个国家。动乱中，段会宗曾被乌孙兵围困，段向京师求援，这次求援给了陈汤最后一次人生翻盘的机会，陈汤的成功预测使之一时间成为大汉军国大事的主心骨。但段会宗最终凭借自己的才能成功解决了这次兵困。三年任满，“西域敬其威信”，带着这样的政绩段会宗内迁为沛郡太守，后因单于来朝觐见，又特意调任雁门太守。几年后，因犯法而被罢免。

此时，乌孙国内更加动荡，王位之争充满了血腥，最终安日在大汉的扶持下成为小乌孙王。动荡的时局，使得西域各国都开始呼吁段会宗的再次出任西域都护，在西域维稳中发挥应有的作用。这样，阳朔二年，汉成帝再次任命段会宗为西域都护。消息传到西域各国，各个鼎沸，“诸国遣子弟郊迎”。

安日因是段会宗主持册立的，所以心怀感激，虽然各位翎侯一致劝阻，他还是跑到龟兹去拜会段会宗。康居太子保苏匿闻听段出任西域都护，便率众投降，段会宗就把情况上奏朝廷，朝廷派遣卫司马去迎接。但这位卫司马处理方式不当，他惧怕康居人太多，就打算让投降的人把自己捆绑了，结果导致康居人心生怨怼，又率众逃走。段会宗也因为在这一过程中私自派戊已校尉军随同卫司马而被问罪，任满归朝仅受金城太守，后因病被免官。

段会宗回朝后，乌孙的境况进一步恶化。大小乌孙王相互倾轧杀戮，小乌孙王末振将杀死了大乌孙王。大乌孙王是解忧公主的嫡传，因此小乌孙王得罪了大汉。但末振将最终又被解忧公主之孙新立的大乌孙王诛杀，但大汉却一直揪住末振将杀死大乌孙王之过。元延二年，段会宗领命率领西域各国军队，诛杀末振将太子番丘。段会宗凭借着自己的智谋成功完成了这项任务，并使得乌孙安定下来，赐爵关内侯，黄金百斤。

同年，段会宗再次赴乌孙与西域都护孙建安抚，次年，七十五岁的段会宗病死乌孙，为西域的安定付出了毕生心血。段的好友谷永曾说，“若子之材，可优游都城而取卿相，何必勒功昆山之仄。总领百蛮，怀柔殊俗”。但段的一生都在西域这条道上成名、称世，将西域的安定视为自己出官封爵的荣耀。正是一代又一代的这样的官员，才使得大汉在西域边陲的统治最终稳定了下来，使之成为中华大地的一个重要组成部分。