在西方哲学史的巡礼中，我们前面提到了牛顿物理学的全胜时代，实际上以此为标志，17世纪新的天文学和新的物理学的诞生，产生了与早先学术传统的内部冲突、它们同哲学和神学当中既成观念和既成利亚的冲突。这些冲突同时发生在理论层面和制度层面。

在中世纪后期的大学传统中，构成高等教育并通过学术职业的是神学、法学和医学。在向着新时代的转变过程中，这些学科内部也有发展和冲突。

神学领域有宗教改革运动。法学领域涉及到法律建制的一些更世俗化的政策，各种版本的契约论和自然法理论（阿尔图修、格劳秀斯、霍布斯和洛克延续到启蒙运动和人权宣言）。医学中，出现了向着一种现代的科学观点转变的倾向，典型的代表是17世纪上半叶哈维的血液循环理论。

我们本篇主要关注的是医学为开始的，整个生物学的发展变化，其他领域后面的篇章再探讨。

当时西方大学有三大高等学科——神学、法学和医学——这三门学科都是规范性和诠释性的学科。

神学：诠释《圣经》，在启示中寻找规范；

法学：诠释法律和法律事务，在自然法和成文法中寻找规范；

医学：诠释疾病，规范要在促进健康长寿这个观念中寻找。

受机械论世界观的影响，医学也在寻找机械论的证明。在传统的亚里士多德对生物现象的看法和新的伽利略——牛顿的科学观之间，出现了一场冲突。

 帕腊塞耳苏斯是一位瑞士医生和科学家。基本仍然属于亚里士多德传统，后者也与希波克拉底和盖仑相联系，认为疾病是体内各基本元素不平衡所致。对于帕腊塞耳苏斯，这些基本元素是盐、硫磺和水银；这里他与当时的炼金术传统挂钩。对我们今天来说，指出他的非批判玄想是轻而易举的。但是，炼金术士们以其对实验室技术的发展，仍然为现代化学的奠基发挥了作用。因此，作为医生的帕腊苏塞耳苏斯也在草药中寻找特殊成分来治疗某些疾病。在这种探索中我们看到富有成效的科学方法的一些很近，尽管他说在如下意义上代表了希波克拉底的传统：他强调医学实践和医学经验，与越来越具有诠释性质的医学（其中医生更重视的是诠释疾病而不是治疗疾病，更不要说疾病提供说明）的倾向形成反差。但是医学职业的界定是模糊不清的。因此，“手术”在很大程度上是由“理发匠”而不是由医生来进行的。

 医学转变为一门科学，是在新物理学的影响之下发生的，最后是在新化学的影响下发生的，这个过程是19世纪获得新的势头。但这个过程要求有解剖学和生理学的知识。这意味着对人体解剖的禁令必须废除，从而医生可以得益于古代的遗产。列奥纳多·达·芬奇是通过解剖而从事解剖学研究的一个先驱，虽然这里我们也必须提到安德留·维萨留斯。

威廉·哈维是一位英国解剖学家，其研究导致了血液循环这个革命性的概念。哈维把心血管循环系统看做一个封闭系统，在这个系统中心脏起水泵的作用。这个出色的机械论——因果性说明比原先的那个理论——说血液消失了然后又制造出来——相比要好得多。因此，医学逐渐形成为一门科学学科，一方面一句解剖学的发展，另一方面一句物理学和化学的发展。

亚里士多德观点和伽利略——牛顿观点之间的冲突，在生物科学的活力论和机械论之间的对立上面得到了表现：有机的（活的）自然的所有方面都可以用我们在新物理科学中看到的的同一些机械论的、唯物论的概念来把握呢，还是生物学科要求一些独特的概念来把握生民过程呢？主张后者的称为“活力论者”，否定这种观点的人则常常被称为“还原论者”。后者企图对生命过程像对无机自然现象那样来说明；因此他们把生物学“还原”为物理学。这样，亚里士多德派是活力论者，而主张伽利略——牛顿的科学观的人们则是生物学中的还原论者。

在医学实践中医生必须同时对病人做科学检查和考虑病人的自我形象和社会状况。比方说，我们可以拒绝那种认为机械论观点对于所有医学问题都是恰当的观点，但仍然保留机械论观点作为对生物现象的科学说明。我们可以按照如下方式进行推理：实际上，我们确实对我们自己的身体作为一种活体具有一种完全独一无二的经验。那些对自己的性生活仅仅用生物化学来理解的人，是极为愚蠢的。这里要承认种种心理或精神的过程。但问题仍然存在：生物学科中因此有哪些观察或科学说明是它们独有的？

这场争论现在不那么激烈了，但在有关相对于进化或所谓整体论医学的人的本性的争论中，类似的问题还会出现。在某种程度上，有关生态学的争论也是如此。